Cadre & Contexte
Dans le cadre d’un projet à long terme réalisé dans la Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre (sud des Deux-Sèvres ; https://za-plaineetvaldesevre.com/) qui porte sur les relations entre biodiversité et agriculture-alimentation-santé, l’équipe de Recherche « Résilience » du Centre d’Études Biologiques de Chizé recrute deux doctorant.e.s pour travailler sur les oiseaux (passereaux) dans les parcelles agricoles et dans les villages de la Zone Atelier. Les personnes recrutées travailleront en binôme, mais les deux sujets de thèse tout en étant complémentaires, seront bien séparés. Les deux financements de doctorat sont en cours de finalisation, et permettront de débuter les thèses à l’automne. Des financements sont par ailleurs acquis pour le fonctionnement des deux thèses (notamment les analyses de pesticides), et seront complétés par d’autres financements en cours d’évaluation.
Ces projets de thèse s’ancrent dans le concept « OneHealth/EcoHealth », un concept récent qui incite à une approche interdisciplinaire et systémique pour une santé humaine, animale et environnementale durables. Ces deux projets se proposent, d’une manière originale, d’aborder l’analyse des impacts des activités agricoles sur des populations d’oiseaux (passereaux), considérées donc ici comme des indicateurs de l’état de santé des territoires agricoles, à travers une approche interdisciplinaire (agroécologie, écotoxicologie et biologie de la conservation). Ils permettront d’évaluer les risques d’exposition des populations des milieux agricoles et d’apporter des connaissances pour mieux comprendre les bénéfices de l’agriculture biologique sur la santé globale des territoires agricoles.
Description des projets de thèse
L’analyse des effets des pesticides in situ est complexe du fait notamment de la diversité des sources d’exposition et de la difficulté de caractériser les effets sublétaux. Des impacts négatifs des pesticides sur la démographie des populations d’oiseaux peuvent survenir en réduisant le succès reproducteur des individus exposés aux pesticides sans pour autant causer leur mort à court terme.
L’analyse des effets de l’exposition aux pesticides sera réalisée dans des micro-paysages agricoles ordonnés selon un gradient croissant de proportion des parcelles en agriculture biologique (AB). Les passereaux seront suivis dans les haies et dans des jardins des villages se trouvant dans ces micro-paysages. Pendant la saison de reproduction des passereaux (d’avril à juillet) et sur les 3 années de thèse, des oiseaux seront capturés à l’aide filets maillants dans des haies en milieu agricole et dans des jardins de particuliers. Des mesures comportementales, physiologiques, toxicologiques seront réalisés sur les individus capturés qui seront ensuite relâchés sur place. Les dosages physiologiques, les mesures immunitaires et les autres analyses seront effectués pendant la saison d’hiver chaque année. Les personnes recrutées réaliseront l’entièreté des deux premières saisons de terrain. La troisième saison sera allégée pour allouer du temps aux analyses, rédaction des articles et du manuscrit de thèse. Les personnes recrutées pourront s’appuyer sur les données collectées au cours des 3 années précédentes.
Le premier projet de thèse aura pour objectif de caractériser les effets de l’AB sur les populations des passereaux dans les deux milieux. Le ou la doctorant-e cherchera en particulier à déterminer si les communautés d’oiseaux des haies et des jardins dans des environnements riches en AB sont plus riches en espèces et notamment en espèces rares. Il ou elle analysera également la biométrie, le comportement reproducteur et de chants des oiseaux pour identifier d’éventuels changements fonctionnels, ainsi que la qualité de leur nourriture (vers de terre, insectes, graines) dans laquelle seront effectués des dosages de pesticides.
Le second projet de thèse visera à comprendre les liens entre l’exposition et l’impact sur la santé. L’exposition des oiseaux sera quantifiée par des estimations de pesticides contenus dans le sang et les plumes des oiseaux. Ces mesures d’exposition seront mises au regard des pesticides épandus sur la Zone Atelier. Le ou la doctorante analysera également les liens entre les taux de pesticides détectés et les paramètres physiologiques et immunitaires ainsi que les charges parasitaires des individus. Les sujets de thèses seront adaptables dans une certaine mesure en fonction des étudiants recrutés.
Localisation de la thèse
Les deux doctorant.e.s seront accueillis au sein de l’équipe Résilience du Centre d’Études Biologiques de Chizé (CEBC, https://www.cebc.cnrs.fr), laboratoire situé dans les Deux-Sèvres. Les travaux de terrain seront réalisés sur la Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre (https://za-plaineetvaldesevre.com).
Les deux doctorant.e.s seront inscrits à l’ED Euclide de La Rochelle Université. Les projets de thèse pourront commencer dès le 01/10/2022.
Profil des candidat.e.s recherchés
Nous recherchons des candidat.e.s possédant :
1) un fort intérêt pour l’écologie, l’écologie comportementale (et l’évolution), l’agroécologie et/ou l’écotoxicologie, avec un goût pour l’interdisciplinarité ;
2) une bonne aptitude à conduire des expériences et des suivis de populations in natura et un goût très prononcé pour les études de terrain. Les candidats devront démontrer dans leur dossier leur compétence à réaliser un terrain fatiguant, souvent en horaire décalé (très tôt le matin)
3) de bonnes compétences en communication en français et en anglais à l’écrit et à l’oral ;
4) de bonnes compétences en statistiques et connaissance du logiciel R;
5) des compétences en ornithologie – une expérience dans la capture des oiseaux, les mesures morphométriques ou les prises de sang seront un plus. Les candidats qui ne disposeraient pas de compétence en ornithologie devront démontrer leur intérêt à se former rapidement avant le démarrage de la thèse.
Salaire et conditions de travail
Le salaire net est entre 1500 et 1600 euros.
La présence au laboratoire est quotidienne, mais à partir de la deuxième année, possibilité d’un jour télétravaillé (en dehors de la période de terrain).
Pendant la saison de terrain, les deux doctorant.e.s réaliseront des captures au filet tous les jours de la semaine (météo permettant), soit environ 80-100 matinées de capture par saison. Il s’agit donc d’un travail hautement saisonnier et intensif, nécessitant de se lever tôt pour poser les filets, et qui correspond à des personnes très motivées par le travail de terrain.
Permis de conduire B et voiture personnelle indispensable
Comment candidater
Envoyer les documents suivants (dans un seul fichier PDF) par mail à
• Jérôme Moreau : jerome.moreau@u-bourgogne.fr
• Karine Monceau : karine.monceau@univ-lr.fr
• Vincent Bretagnolle : breta@cebc.cnrs.fr
• Sabrina Gaba : sabrina.gaba@inrae.fr
1) Curriculum Vitae (1 page)
2) Lettre de motivation pour la thèse (minimum 1 page)
3) Notes de master 1 et de master 2 avec le détail des modules suivis avec obligatoirement le classement de M1 et de M2. Pour le M2, vous pouvez envoyer uniquement le Semestre 3 mais avec obligatoirement le classement. Si les classements ne sont pas disponibles, merci de vous rapprocher des responsable de Master pour les obtenir
4) Une ou plusieurs lettres de recommandation avec de préférence vos maitres de stages de master 1 et master 2 et/ou votre responsable de Master
5) les coordonnées de 2 référents (mail, téléphone) supplémentaires qui pourraient donner un avis sur vos motivations et vos compétences
6) une annexe détaillant vos compétences ornithologiques (1 page)
Pour tout renseignement
Si vous avez des questions concernant les offres de thèses, contacter par mail Jérôme Moreau et/ou Vincent Bretagnolle (adresses mail ci-dessus).
La date limite pour l’envoi du document est fixée au 15 juillet 2022. Il est cependant très vivement conseillé de manifester son intérêt pour le sujet le plus tôt possible, car les auditions seront réalisées au fil de l’eau (par visio-conférence), et dès que deux candidat.e.s seront retenus, l’offre sera close.
Bibliographie sur le sujet pour préparer les auditions
• GABA, S., BRETAGNOLLE, V. 2020. Social–ecological experiments to foster agroecological transition. People & Nature. 2020. 2(2) 3317-327.
• Wintermantel, D., Odoux, J-F., Decourtye, A., Henry, M, Allier, F & Bretagnolle, V. 2020. Neonicotinoid-induced mortality risk for bees foraging on oilseed rape nectar persists despite EU moratorium. Science of the Total Environment. 2020, 704: 135400
• Henckel, Laura; Meynard, Christine N.; Devictor, Vincent; …Bretagnolle, V. On the relative importance of space and environment in farmland bird community assembly. Plos One 14: e0213360
• Bretagnolle, V, Berthet, E, Gross, N, Gauffre, B, Plumejeaud, C, Houte, S, Badenhausser, I, Monceau, K, Allier, F, Monestiez, P, Gaba S. 2018. Towards sustainable and multifunctional agriculture in farmland landscapes: Lessons from the integrative approach of a French LTSER platform. Science Of The Total Environment 627, 822-834
• RABDEAU J., BADENHAUSSER I., MOREAU J., BRETAGNOLLE V., MONCEAU K. To change or not to change experimenters: Caveats for repeated behavioural and physiological measures in Montagu’s Harrier. Journal of Avian Biology. 2019.
• Harmange, C; Bretagnolle, V; (…); Moreau, J. 2021. Linking personality and health to use of space in the gray partridge: perspectives for management. EUROPEAN JOURNAL OF WILDLIFE RESEARCH 67 (5).
• Moreau, J; Monceau, K; (…); Bretagnolle, V. 2021. Feeding partridges with organic or conventional grain triggers cascading effects in life-history traits. ENVIRONMENTAL POLLUTION 278.
• Moreau, J., Monceau, K., Gonnet, G., Pfister, M. & Bretagnolle, V. 2022. Organic farming positively affects the vitality of passerine birds in agricultural landscapes. Agriculture, Ecosystems and Environment ; https://doi.org/10.1016/j.agee.2022.108034
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