Contexte :
L’Office français de la biodiversité (OFB) est né le 1er janvier 2020. Ce nouvel établissement public, placé sous la tutelle des ministres chargés de l’environnement et de l’agriculture, a été créé pour protéger et restaurer la biodiversité. Il intègre les missions, les périmètres d’intervention et les 2 800 agents de l’Agence Française pour la Biodiversité (AFB) et de
l’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage (ONCFS). Il contribue, s’agissant des milieux terrestres, aquatiques et marins, à la surveillance, la préservation, la gestion et la
restauration de la biodiversité ainsi qu’à la gestion équilibrée et durable de l’eau en coordination avec la politique nationale de lutte contre le réchauffement climatique (loi n°2019-773 du 24 juillet). Pour remplir ses missions, l’Office s’appuie sur des équipes pluridisciplinaires (inspecteurs de l’environnement, ingénieurs, vétérinaires, techniciens, personnels administratifs, etc.) réparties sur tout le territoire national. Il est organisé
de façon matricielle pour prendre en compte tous les milieux, en transversalité, selon une articulation à trois niveaux :
– une échelle nationale où se définissent et se pilotent la politique et la stratégie de l’OFB (directions et délégations nationales) ;
– une échelle régionale où s’exercent la coordination et la déclinaison territoriale (directions régionales) ;
– des échelons départementaux et locaux, de mise en oeuvre opérationnelle et spécifique (services départementaux, antennes de façade, parcs naturels marins, etc.).
La Direction de la Recherche et Appui Scientifique (DRAS) est l’une des 2 directions « connaissance » de l’OFB, en charge de la recherche et de l’expertise sur les espèces, sur les milieux, leurs fonctionnalités et leurs usages, ainsi que sur les risques sanitaires en lien avec la faune sauvage.

Le Chat forestier, Felis s. silvestris, est une espèce protégée en France, d’intérêt communautaire et inscrite à l’annexe V de la Directive européenne Habitat Faune Flore. Sa possible hybridation avec le chat domestique (Felis s. catus) constitue une pression et une menace pour sa conservation à court et moyen terme. Dans le cadre du suivi patrimonial de l’espèce qu’assure l’OFB (ex-ONCFS), les analyses génétiques permettent de
valider les données de présence de l’espèce et sont à ce jour, indispensables pour établir son statut de conservation. Une collaboration ancienne existe entre l’OFB, l’équipe « Écologie et Évolution des Populations » (LBBE- UMR CNRS 5558-université Claude Bernard Lyon 1) et le laboratoire Antagene. Cette collaboration a permis de nombreuses
avancées en terme de génétique des populations sur le chat forestier (O’Brien et al. 2009, Say et al. 2012, Afonso et al. 2013, Devillard et al. 2014, Portalier et al. soumis).

Description du stage :
Mission :
Sous l’autorité de S. Ruette, l’étudiant-e analysera les données des examens génétiques et morphologiques de chats supposés forestiers en France collectées depuis plus de 20 ans par l’OFB (ex-ONCFS). Les outils moléculaires permettent de classifier les spécimens en trois catégories (domestique, hybride, forestier) mais également une métrique
caractérisant la pureté génotypique des spécimens, i.e. la proportion de génome forestier. De nombreuses approches existent pour faire cette classification dont deux utilisées en routine par les équipes d’accueil. Le premier objectif du stage sera d’établir une comparaison méthodologique (sur données réelles et de simulation) de ces deux approches afin d’identifier la plus pertinente à utiliser dans le futur. Sur la base de cette classification, le deuxième objectif du stage sera d’établir le lien génotype/phénotype en contrastant à la fois la classification génétique et la métrique de pureté avec l’ensemble des informations morpho-anatomiques récoltées à l’autopsie des spécimens. Il s’agira in fine de calibrer un outil de diagnostic phénotypique fiable pour identifier les trois classes de spécimens. Ces analyses (objectif 1 et 2) se feront sur la base de données nationales de l’OFB (plusieurs centaines de spécimens).

Activités principales :
– analyses multivariées des données génétiques (microsatellites, sous-jeu de données SNP) et morpho-anatomiques (indice crânien, indice intestinal, données de pelage, mensurations) afin d’établir le lien génotype/phénotype.
– génétique des populations : comparaison de deux méthodes d’assignation pour identifier les hybrides chat forestier chat domestique à partir de données moléculaires.
– rédaction d’un rapport détaillé des analyses et analyse critique des résultats
– rédaction d’une note synthétique et vulgarisée sur l’interprétation de résultats d’analyses génétiques par microsatellites

Connaissances :
En écologie et conservation, en particulier en génétique des populations
En biostatistiques, maîtrise des analyses multivariées
Très bonne maîtrise de R (cluster de calcul)
Connaissance en linux est un plus pour l’utilisation du cluster de calcul
Savoir-faire opérationnel :
– R, Qgis
Savoir-être professionnel :
– Qualités relationnelles
– Rigueur, autonomie, sens de l’organisation
– Esprit d’initiative
– Travailler en équipe et en réseau
Diplômes – Formation – Expérience :
– Stage de M2 ou équivalent

Stage basé Birieux (01) ou Villeurbanne (69), non logé
– Période de stage : entre février et juillet 2022

CV et lettre de motivation à envoyer par mél à Sandrine Ruette sandrine.ruette@ofb.gouv.fr et Sébastien Devillard Sebastien.Devillard@univ-lyon1.fr

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: sandrine.ruette@ofb.gouv.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.