Laboratoire : Laboratoire d’Ecologie Alpine
Responsable du stage : François Pompanon (LECA, Univ Grenoble Alpes)
email : francois.pompanon@univ-grenoble-alpes.fr
Date de début : 01/01/2023 (flexible)
indemnité: ~ 580 €/mois
Possibilité de poursuite en thèse
Titre du projet : Rôle des introgressions au cours d’un processus de domestication animale
Objectifs recherchés (3 lignes max) :
Evaluer les conséquences de l’hybridation avec les espèces sauvages au cours de la domestication de la chèvre, en identifiant les régions génomiques introgressées et en évaluant l’importance relative des introgressions par rapport à la sélection (positive ou relâchée, naturelle ou dirigée par l’homme).
Résumé (10 lignes max) :
L’hybridation joue un rôle important dans la diversification et l’adaptation des espèces, les transferts de gènes induits conduisant à des changements génomiques rapides. Au cours de la domestication, ce processus a joué un rôle probablement beaucoup plus important qu’initialement prévu. Des exemples récents montrent l’importance d’allèles d’origine sauvage dans la réalisation de fonctions essentielles comme l’adaptation à l’altitude chez le yack et le mouton. Toutefois, les informations disponibles ciblent des races et des caractères adaptatifs ou zootechniques bien particuliers, et l’ampleur des phénomènes d’introgression reste inconnue. Le.la candidat.e analysera des données génomiques produites par le consortium international Vargoats pour identifier les régions du génome introgressées à partir d’aegagres et bouquetins, et évaluer leur impact sur la structuration des génomes domestiques afin de préciser l’histoire sélective (adaptation, amélioration) et démographique (migrations, fondations) de la chèvre.
Approches et matériel utilisés (3 lignes max) :
Le.la candidat.e analysera un jeu de données de séquences génomiques par des approches bioinformatiques (approches génome complets et calcul de statistiques pour détection des régions sous sélection, des régions introgressées).
Compétences:
Compétences en génétique des populations et intérêt pour la biologie évolutive. Notion de base en statistique et analyse de données, intérêt pour la bioinformatique.
Publications pertinentes de l’équipe (3 max) :
• Alberto et al. 2018 Convergent genomic signatures of domestication in sheep and goats. Nature Communications, 9:813.
• Cumer et al. 2021 Genome-wide detection of structural variations reveals new genomic regions associated to domestication in small ruminants. Genome Biology and Evolution, 13(8).
• Denoyelle et al. 2021. Vargoats project: a 1,160 whole-genome sequence dataset to dissect Capra hircus global diversity. Genetics Selection Evolution, 53(86).
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