Contexte
Le changement climatique transforme profondément le massif des Alpes. La hausse des températures, particulièrement marquée au printemps (mars-mai) et en été (juin-août), entraîne des modifications du monde physique et des habitats naturels, qui abritent tout autant des activités humaines qu’une faune très spécialisée et adaptée à la haute montagne. Les impacts climatiques et sur les paysages commencent à être documentés mais certaines espèces, pourtant vulnérables, sont peu étudiées.
Le Lièvre variable (Lepus timidus) fait partie de ces espèces spécialisées qui ont trouvé refuge dans les Alpes après la dernière grande glaciation et qui se trouvent aujourd’hui menacées dans leur refuge. Les connaissances sur cette espèce sont encore lacunaires et ne permettent pas de qualifier son degré de vulnérabilité vis à vis des activités anthropiques dans un contexte de changement climatique. Une des conditions de maintien des populations de Lièvre variable à l’échelle alpine réside dans la capacité des individus à se déplacer et à maintenir des flux entre les différents massifs. La connectivité spatiale entre les habitats favorables est donc cruciale pour l’avenir de l’espèce.

Objectifs du stage
Les objectifs de ce stage seront donc (1) d’examiner la structuration et la diversité génétiques des différentes populations étudiées ; (2) d’analyser les variables paysagères affectant les flux de gènes au sein des zones d’étude. Il s’agira par exemple d’identifier les éléments qui constituent des barrières aux flux de gènes, et d’estimer la résistance relative de différents types d’occupation du sol aux flux de gènes (Peterman et al. 2018 ; voir par exemple l’approche utilisée dans Darinot
et al. 2021).
Pour cela, l’étudiant/e bénéficiera d’un jeu de données basé sur une collecte récente de fèces dans les Alpes françaises. Les données (environ 2000 échantillons) ont été collectées entre 2013 et 2021 sur des territoires alpins allant de la Haute-Savoie jusqu’aux Alpes-Maritimes. Les échantillons ont été génotypés sur 12 marqueurs microsatellites.

Encadrement
Le/la stagiaire sera encadré/e par Aurélie Coulon, maitre de conférences au MNHN, affiliée au Centre d’Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO) et au CEFE (Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive) ; avec le concours de Jérôme LETTY (Office français de la Biodiversité) dans le cadre du projet POIA Espèces arctico-alpines.
Le référent administratif du stage est Jérôme MANSONS (Parc national du Mercantour) en tant que chef de projet POIA Espèces arctico-alpines.

Profil recherché
• Étudiant(e) de M2 avec un bagage solide en écologie et un attrait pour l’analyse de
données génétiques et spatiales
• Bonne connaissance d’un logiciel de SIG, de préférence QGIS
• A l’aise avec le logiciel R

Voie de recrutement
Les candidatures sont à envoyer par courriel à Aurélie COULON, aurelie.coulon@mnhn.fr.
L’examen des candidatures se fera au fil de l’eau, jusqu’à ce que le poste soit pourvu.

Informations complémentaires
• Lieu du stage : Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE) à Montpellier
• Durée du stage : 6 mois, à partir de janvier, février ou mars 2022
• Indemnités réglementaires : 3.90€/h soit ~ 600€/mois

Références citées
Darinot F., Le Petitcorps Q., Arnal V., Coulon A. & Montgelard C. (2021). « Effects of landscape features and flooding on the genetic structure of a small wetland rodent, the harvest mouse (Micromys minutus) ». Landscape Ecology 36 (6): 1755-71.
Peterman, W.E. (2018). « ResistanceGA: An R package for the optimization of resistance surfaces using genetic algorithms ». Methods in Ecology and Evolution 9 (6): 1638-47.

Le projet POIA Espèces arctico-alpines est financé avec le concours de la Région Provence-Alpes-Côte-d’Azur, du Département de la Haute-Savoie, de l’État à travers le Fond National d’Aménagement et de Développement du Territoire (FNADT) et de l’Union Européenne. L’Europe s’engage sur le Massif Alpin avec le Fonds Européen de Développement Régional (FEDER).

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: aurelie.coulon@mnhn.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.