Stage M2 Ecologie marine 6 mois à La Réunion (janvier-février à juin-juillet 2021)
Titre Analyse du régime alimentaire de trois espèces d’holothuries tropicales à La Réunion par approche métabarcoding

Sujet

Les holothuries tropicales sont une ressource importante à l’échelle mondiale et de nombreuses populations sont menacées par une surpêche. Une prise de conscience mondiale s’opère puisque cinq espèces se sont vues attribuer en 2013 le statut «vulnérable» ou «en danger d’extinction» sur la liste rouge de l’UICN (Conand et al. 2014). La domestication de nouvelles espèces est un enjeu fort, à la fois pour réduire les impacts sur les populations naturelles et pour alimenter un marché mondial florissant (la plus grosse demande venant des marchés asiatiques). La maîtrise aquacole des holothuries reste cependant très difficile puisqu’à ce jour. Ainsi dans un contexte d’exploitation durable et de préservation de la ressource, il est donc primordial et urgent de mieux connaitre la biologie et l’écologie de ces espèces afin d’assurer leur pérennité et éventuellement de les domestiquer pour l’aquaculture.

En dépit de leur rôle fonctionnel central pour les écosystèmes marins (Purcell et al. 2016), notamment dans la transformation et le recyclage de la matière organique, et de leur importance économique (pêcheries et aquaculture), les holothuries ou concombres de mer constituent un groupe d’espèces dont l’écologie reste particulièrement mal connue (Lovatelli et al. 2004 ; Friedman et al. 2011). De rares régions restent exemptes de la surpêche, telle La Réunion. Certaines populations d’holothuries y présentent par endroits des densités exceptionnelles, pouvant atteindre 3 individus par m² (Jaquemet et al. 1999 ; Conand and Mangion 2002). Les conditions de vie pour ces populations sont donc très favorables sur ces sites, notamment en termes de reproduction et d’alimentation.

L’objectif de ce stage est d’acquérir des connaissances sur les ressources alimentaires des trois espèces d’holothuries les plus répandues dans le récif de La Réunion. L’échantillonnage s’est déroulé sur plusieurs saisons (deux saisons froides et une saison chaude) et sur plusieurs stations à travers le récif. Les individus, ainsi que les sédiments adjacents et les fécès ont été récoltés. Il s’agira d’étudier les communautés d’eukaryotes, de procaryotes et d’archées présentes dans les sédiments devant la bouche de l’animal, dans la partie antérieure et la partie postérieure du tube digestif et dans les fèces par une approche de métabarcoding utilisant des marqueurs adaptés pour chaque communauté. Nous disposons de plus de 500 individus. Les tests de métabarcoding ont été effectués Il s’agira alors pour le stagiaire de procéder aux dissections, extraction d’ADN et PCR. Les PCR seront envoyées à l’ICM (Paris) pour séquençage NGS. Le stagiaire pourra participer au travail de bioinformatique avec Cyril Noel (IFREMER, Brest). Le stagiaire devra analyser les données des communautés et les interpréter. Ce stage allie donc biologie moléculaire, bioinformatique et analyses statistiques. L’outil métabarcoding est un outil d’avenir pour l’étude des communautés.

Organisme d’accueil UMR ENTROPIE – Université de la Réunion
Nécessité d’être présent à La Réunion en février 2022

Encadrement des stagiaires
Hélène Magalon, MCU HDR (UMR Entropie, Université de La Réunion), helene.magalon@univ-reunion.fr
Cyril Noël, Ingénieur de recherche (service bioinformatique IFREMER, Brest), cyril.noel@ifremer.fr

Autre encadrant Joséphine Pierrat, doctorante, josephine.pierrat@univ-reunion.fr

Planning prévisionnel
Janvier 2022 : synthèse bibliographique
Février-mars 2022 : dissection des holothuries, extraction et amplification de l’ADN
Avril – mai 2022 : analyses des résultats de séquençages et analyses statistiques
Juin 2022 : Rédaction rapport et soutenance

Compétences attendues
Aptitudes pour le laboratoire, capacités statistiques, qualités rédactionnelles, autonomie et rigueur, bonne communication

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: helene.magalon@univ-reunion.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.