Contexte et objectif du stage
Les effets du changement global dû à l’intensification des activités anthropiques sur les habitats sont de plus en plus évidents. Un enjeu majeur pour la conservation et la gestion de la faune sauvage est de comprendre comment ces effets, tels que la perte et la fragmentation des habitats, vont affecter la distribution des espèces et la dynamique des populations. Certains éléments paysagers comme les infrastructures routières influencent fortement la fragmentation des paysages. Les grands mammifères, en raison de l’étendue de leur domaine vital, doivent souvent franchir des routes pour accéder à des ressources essentielles et pour survivre. Les transports routiers peuvent causer une mortalité directe due à des collisions avec des véhicules, mais les routes en restreignant les mouvements des animaux, isolent les populations et réduisent le flux génétique, ce qui peut avoir des effets négatifs indirects sur la survie. L’étude du comportement animal est une question essentielle en écologie, notamment pour comprendre les relations entre la faune sauvage et leur environnement. Avoir une certaine connaissance de son environnement permet aux individus d’ajuster leur utilisation de l’habitat sur la base des caractéristiques propres des habitats et pour assurer leurs besoins biologiques. L’objectif ici est de caractériser spatialement et temporellement les zones de franchissement des routes et de quantifier les différences individuelles en termes d’exposition au risque de franchissement des routes, de les mettre en relation avec les caractéristiques individuelles (sexe, âge, traits de la personnalité) et d’évaluer les conséquences sur la performance individuelle notamment en termes de survie.
L’étude portera sur le suivi de l’écologie du mouvement de chevreuils au sein d’un paysage agricole moderne doté d’un maillage routier bien développé. Ce travail visera à décrire les caractéristiques paysagères propices aux franchissements des routes par le chevreuil et la variabilité saisonnière et nycthémérale de ce comportement. On s’attend par exemple à trouver des différences temporelles en fonction du niveau d’activité et de mouvements des individus, notamment en période de rut pour les mâles, avec une plus forte propension à parcourir son domaine vital pour trouver des femelles reproductrices ou pendant la période de dispersion natale pour les jeunes. Ainsi, dans un second temps, on complètera l’approche par l’évaluation des différences inter-individuelles dans le franchissement des routes par les chevreuils soit en termes de propension à franchir les routes soit en termes de vitesse de franchissement des routes. En plus des différences sexuelles à certaines périodes de l’année comme évoqué précédemment, on s’attend à des différences en fonction de l’âge, notamment l’expérience et la familiarité pour son habitat pourraient conduire à une moindre exposition au risque de franchissement par opposition aux jeunes qui sont moins fixés spatialement et qui ont une moins bonne connaissance de leur habitat. La personnalité pourrait également participer aux différences inter-individuelles, avec les animaux les plus explorateurs et les plus courageux prenant davantage de risques. Enfin, les différences inter-individuelles vis-à-vis du franchissement des routes pourraient conduire à des risques de mortalité par collision avec les voitures, différents entre individus.

Données disponibles pour le stage :
L’étude s’appuiera sur le suivi individuel de 374 chevreuils à Aurignac (ZA PyGar) équipés de colliers GPS récoltant plusieurs localisations spatiales par jour. Pour cette étude on utilisera les suivis journaliers intensifs à raison d’une localisation toutes les 10 minutes répartis au cours de l’année, pour un total de 3875 journées sur les 374 individus (soit un peu plus de 10 journées par individus). Ces individus font l’objet de suivis individuels intensifs permettant de décrire leur personnalité et d’évaluer leurs caractéristiques individuelles (âge, sexe, biométrie). Pour évaluer les différences inter-individuelles en termes de risque de mortalité, 16 individus (disposant de 203 journées) sont morts des suites d’une collision routière. Enfin, les caractéristiques paysagères nécessaires à ces analyses (cartographies des habitats, des routes etc.) sont également déjà disponibles.

Compétences requises :
– Être familier avec R et l’apprentissage de nouveaux logiciels
– Être à l’aise avec les statistiques et la modélisation
– Être familier avec la manipulation de gros jeux de données
– Autonomie
– Être critique et force de proposition
– Attrait pour l’étude du comportement animal

Lieu
Le stage se déroulera au laboratoire CEFS sur le site INRAE de Toulouse.
Adresse : 24 chemin de Borde rouge-CS 52627 Auzeville 31 326 Castanet-Tolosan Cedex FRANCE

Période et durée
Le stage d’une durée de 5 à 6 mois se déroulera entre janvier et fin juin. Le ou la stagiaire bénéficiera des indemnités forfaitaires réglementaires allouées au niveau Master (de l’ordre de 550€ par mois, en fonction du nombre de jours ouvrés dans le mois).

Encadrants et coordonnées contact
Morellet Nicolas (Email : Nicolas.Morellet@inra.fr; Téléphone : 05 61 28 51 28)
Nadège Bonnot (Email : bonnot.nadege@gmail.com; Téléphone : 02 38 95 03 37)

Publications significatives dans le domaine des encadrants :

Bonnot NC, Verheyden H, Blanchard P, Cote J, Debeffe L, Cargnelutti B, Klein F, Hewison AJM, Morellet N (2015) Interindividual variability in habitat use: evidence for a risk management syndrome in roe deer? Behavioral Ecology 26:105–114. doi: 10.1093/beheco/aru169
Bonnot NC, Goulard M, Hewison AJM, Cargnelutti B, Lourtet B, Chaval Y, Morellet N (2018) Boldness-mediated habitat use tactics and reproductive success in a wild large herbivore. Animal Behaviour 145:107–115. doi: 10.1016/j.anbehav.2018.09.013
Couriot O, Hewison AJM, Saïd S, Cagnacci F, Chamaillé-Jammes S, Linnell JDC, Mysterud A, Peters W, Urbano F, Heurich M, Kjellander P, Nicoloso S, Berger A, Sustr P, Kroeschel M, Soennichsen L, Sandfort R, Gehr B, Morellet N (2018) Truly sedentary? The multi-range tactic as a response to resource heterogeneity and unpredictability in a large herbivore. Oecologia 187:47–60 . doi: 10.1007/s00442-018-4131-5
Gehr, B., Bonnot, N. C., Heurich, M., Cagnacci, F., Ciuti, S., Hewison, A. J. M., Gaillard, J., Ranc, N., Premier, J., Vogt, K., Hofer, E., Ryser, A., Vimercati, E., & Keller, L. (2020). Stay home, stay safe—Site familiarity reduces predation risk in a large herbivore in two contrasting study sites. Journal of Animal Ecology, 89(6), 1329–1339. https://doi.org/10.1111/1365-2656.13202.
Malagnino, A., Marchand, P., Garel, M., Cargnelutti, B., Itty, C., Chaval, Y., Hewison, A. J. M., Loison, A., & Morellet, N. (2021). Do reproductive constraints or experience drive age-dependent space use in two large herbivores? Animal Behaviour, 172, 121–133. https://doi.org/10.1016/j.anbehav.2020.12.004
Martin, J., Vourc’h, G., Bonnot, N. C., Cargnelutti, B., Chaval, Y., Lourtet, B., Goulard, M., Hoch, T., Plantard, O., Hewison, A. J. M., & Morellet, N. (2018). Temporal shifts in landscape connectivity for an ecosystem engineer, the roe deer, across a multiple-use landscape. Landscape Ecology, 33(6), 937–954. https://doi.org/10.1007/s10980-018-0641-0
Monestier C, Morellet N, Gaillard J-M, Cargnelutti B, Vanpé C, Hewison AJM (2015) Is a proactive mum a good mum? A mother’s coping style influences early fawn survival in roe deer. Behavioral Ecology 26:1395–1403 . doi: 10.1093/beheco/arv087
Morellet N, Bonenfant C, Boerger L, Ossi F, Cagnacci F, Heurich M, Kjellander P, Linnell JDC, Nicoloso S, Sustr P, Urbano F, Mysterud A (2013) Seasonality, weather and climate affect home range size in roe deer across a wide latitudinal gradient within Europe. Journal of Animal Ecology 82:1326–1339. doi: 10.1111/1365-2656.12105

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