Stage Césure/Master 2 :
Calcul des tendances temporelles d’abondance des espèces d’oiseaux communs à partir des données de sciences participatives
1) CADRE
Unité et équipe d’accueil : Centre d’Ecologie et des Sciences de la Conservation, UMR7204 CESCO, Equipe Vigie-Nature
Localisation :
Centre d’Écologie et des Sciences de la Conservation (UMR 7204)
Muséum national d’Histoire naturelle
CP 135 – 43 rue Buffon – 75005 Paris
Durée : 6 mois. Début envisageable entre janvier et avril 2025.
Encadrants principaux : Charles THEVENIN, Benoît FONTAINE (MNHN)
Encadrantes supplémentaires : Gwenaël QUAINTENNE, Marjorie POITEVIN (LPO)
2) SUJET
Problématique
L’étude des impacts des activités humaines sur la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes est aujourd’hui un enjeu scientifique et social majeur. Il est alors nécessaire de disposer de données fiables, et donc standardisées, sur l’état de santé des écosystèmes. Dans ce contexte, le programme de sciences participatives Vigie-Nature fondé par le Muséum national d’Histoire naturelle s’est révélé une voie extrêmement efficace pour collecter de telles données à de larges échelles spatio-temporelles.
Vigie-Nature s’appuie sur des réseaux de volontaires pour récolter des données standardisées de présence et d’abondance de divers groupes animaux et végétaux à l’échelle du territoire français. Grâce à ces données, Vigie-Nature produit chaque année des indicateurs basés sur le calcul des variations d’abondance des espèces (e.g., Bilan STOC 2020).
L’observatoire « Oiseaux des jardins », lancé en 2012 et co-porté par le Muséum national d’Histoire naturelle, l’Office Français pour la Biodiversité et la Ligue de Protection des Oiseaux, a pour objectif d’impliquer les citoyens dans le suivi des populations d’oiseaux communs dans les jardins privés ou publics. En proposant un protocole simple à destination des amateurs, l’observatoire a permis d’impliquer plus de 50 000 participants depuis son lancement. L’objectif du stage est de valoriser ces précieuses données en analysant les variations temporelles d’abondance des espèces observées.
L’étudiant.e recruté.e appliquera la méthode de calcul des indicateurs de tendance temporelle d’abondance développée par l’équipe sur les données de l’observatoire « Oiseaux des Jardins ». Les résultats permettront de caractériser les variations d’abondance observées dans les jardins, et de comparer les résultats obtenus aux tendances calculées à partir du Suivi Temporel des Oiseaux Communs (STOC) et du Suivi Hivernal des Oiseaux Communs (SHOC), des protocoles de suivi des populations au printemps et en hiver et à destination des naturalistes confirmés.
Le travail de l’étudiant.e visera à :
• Appliquer les méthodes de calculs de tendances temporelles d’abondance sur les données de l’observatoire Oiseaux des jardins ;
• Comparer les résultats obtenus aux tendances calculées sur les données du STOC et du SHOC, et évaluer dans quelle mesure les deux protocoles fournissent des informations complémentaires sur la dynamique des espèces d’oiseaux communs en France hexagonale ;
• Eventuellement : produire un script commenté permettant de reproduire en routine les analyses afin de mettre à jour régulièrement les indicateurs produits avec les données Oiseaux des Jardins.
Faisabilité
Les données d’observations issues des observatoires Oiseaux des Jardins, STOC et SHOC sont déjà exploitées au sein de l’équipe Vigie-Nature, et sont immédiatement disponibles. La méthodologie de calcul des indicateurs de tendances temporelles développées dans le cadre du STOC est également immédiatement mobilisable. L’analyse des variations temporelles d’indices de biodiversité variés est un enjeu central du programme Vigie-Nature et plus largement au laboratoire CESCO, ce qui assurera à l’étudiant.e d’être bien accompagné.e sur ce stage. Enfin des déplacements à Rochefort (siège de la LPO) sont prévus pour que l’étudiant.e rencontre et travaille avec l’équipe de la LPO en charge du pilotage et de la valorisation des données.
Liens et bibliographie
* Site internet de l’observatoire : www.oiseauxdesjardins.fr
* Bilan des 10 ans de l’observatoire : https://www.lpo.fr/qui-sommes-nous/espace-presse/communiques/cp-2023/comptage-des-oiseaux-des-jardins-bilan-de-10-ans-de-sciences-citoyennes
* Bilan du Suivi Temporel des Oiseaux Communs : https://www.vigienature.fr/sites/vigienature/files/atoms/files/syntheseoiseauxcommuns2020_final.pdf
* Lorrilliere et al., 2018, Winter bird survey in French gardens, two complementary schemes for a wide array of questions. Bird Census News 2018, 31/1–2: 10–17.
3) RECRUTEMENT
Profil recherché
Stage de césure ou de M2
Formation : Écoles ou universités écologie et/ou sciences de la vie et/ou bio-informatique
Compétences/connaissances :
– Expérience en programmation sous R / maîtrise du logiciel R (gestion de données, analyses statistiques)
– Compétences en analyse de données d’écologie
– Rigueur et curiosité, capacité à communiquer et à travailler en équipe
Contact et candidature
CV et LM à adresser à Charles Thévenin (charles.thevenin@mnhn.fr), merci de spécifier « [Recrutement stage ODJ] » dans l’objet du mail.
Date limite de candidature : 05/11/2024
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