La distribution spatiale d’une espèce dépend d’un ensemble de facteurs biotiques et abiotiques en interaction. L’Ecureuil roux (Sciurus vulgaris) est une espèce forestière qui est présente sur l’ensemble du territoire métropolitain français, avec des densités variables. Notamment, elle est en général présente en plus forte densité en forêt de résineux que de feuillus, et à basse ou moyenne altitude qu’à forte altitude. Les connaissances sur les facteurs environnementaux affectant la présence de cette espèce restent toutefois limitées.
Les données issues des sciences participatives sont de plus en plus nombreuses, et fournissent une formidable opportunité d’acquisition de connaissances basées sur des données à large échelle spatiale. Certaines d’entre elles, les données issues d’observations opportunistes, sont toutefois associées à des défis en termes d’analyse. Il s’agit en effet de réussir à tenir compte des biais inévitables associés à ce type de données (par exemple, sur-échantillonnage des zones situées près des voies de déplacement, ou des habitations humaines) (Milanesi et al. 2020).
Ce stage a pour objectif de réaliser une analyse des facteurs environnementaux affectant la présence d’écureuils roux en France métropolitaine, en se basant sur des données opportunistes d’observation de l’espèce. Ces données seront analysées par des modèles de niches / modèles de distribution d’espèces. Les facteurs testés incluront des variables à une échelle locale (quelques mètres autour de l’observation), intermédiaire (quelques centaines de mètres) et moyenne (1 km). Ce stage s’inscrit dans le cadre d’un projet Européen ERC, qui vise à comprendre les effets relatifs de la fragmentation du paysage et de la structuration spatiale de l’habitat sur les flux de gènes chez cette espèce.
Le/la stagiaire participera également, selon l’avancement des analyses, à du travail d’échantillonnage génétique de l’espèce d’étude.
Profil recherché
– Etudiant(e) de M2 avec un bagage solide en écologie et une affinité pour l’analyse de données
– Intéressé(e) par les questions d’écologie spatiale / distribution d’espèces
– Bonne connaissance d’un logiciel de SIG, si possible QGIS
– A l’aise avec le logiciel R et la manipulation de grands jeux de données et de données environnementales

Encadrantes
• Cécile ALBERT (CR CNRS), cecile.albert@imbe.fr
• Aurélie COULON (MC MNHN), aurelie.coulon@mnhn.fr

Laboratoire d’accueil
• Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie (IMBE), site de l’Arbois (Aix-en-Provence)
OU
• Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Montpellier

Informations complémentaires
– Durée du stage : 6 mois, à partir de janvier, février ou mars 2022
– Indemnités règlementaires : 3.75€/h soit ~ 540€/mois

Références
Milanesi, Pietro, Emiliano Mori, et Mattia Menchetti. « Observer-Oriented Approach Improves Species Distribution Models from Citizen Science Data ». Ecology and Evolution 10, nᵒ 21 (2020): 12104‑14. https://doi.org/10.1002/ece3.6832.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: aurelie.coulon@mnhn.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.