L’avènement des techniques de séquençage haut-débit a révélé l’incroyable diversité des microorganismes hébergés par tous les animaux, appelés microbiote, et a mis en évidence leur rôle essentiel pour la fitness de leurs hôtes. Le microbiote intestinal par exemple, joue un rôle central dans la digestion et la nutrition, interagit fortement avec le système immunitaire, contribue à la protection contre les pathogènes et influe même sur le fonctionnement du cerveau et le comportement. La dernière décennie a ainsi amené un changement de paradigme dans la compréhension du fonctionnement des organismes eucaryotes et il est désormais établi que l’hôte et son microbiote constituent une entité fonctionnelle indissociable. Dans le contexte actuel de l’anthropocène, il est donc essentiel de prendre en compte le microbiote dans l’étude de la réponse des organismes aux perturbations anthropiques. Ainsi, des altérations du microbiote ont été mise en évidence en lien avec le réchauffement climatique (Bestion et al., 2017), la fragmentation de l’habitat (Barelli et al., 2015) ou l’urbanisation (Teyssier et al., 2018) par exemple. Cependant, ces études restent rares et notamment chez les oiseaux. Cela est particulièrement vrai concernant l’impact des pesticides sur le microbiote des populations d’oiseaux en milieu rural, pour lesquelles aucune étude n’a été réalisée à notre connaissance. Or le microbiote intestinal pourrait moduler l’effet des pesticides sur les oiseaux en permettant la détoxification des substances ou en contraire exacerber l’effet néfaste de ces pesticides sur les oiseaux en déséquilibrant les communautés de bactéries symbiotiques de l’intestin.
L’objectif de ce stage est donc de permettre d’étudier l’influence des pesticides sur le microbiote intestinal de différentes espèces d’oiseaux inféodés aux milieux agricoles en effectuant des analyses en laboratoire sur des échantillons de microbiote d’oiseaux. Il s’agira pour l’étudiant.e d’effectuer toutes les étapes de biologie moléculaire (extraction d’ADN, PCR et préparation des librairies) en amont du séquençage, et éventuellement l’analyse bioinformatique des données issues du séquençage si le temps le permet. Ce stage s’effectuera au laboratoire Evolution et Diversité Biologique à l’Université Toulouse 3. L’étudiant.e effectuera également des analyses statistiques sur des données de microbiote d’une étude précédente.
Pour postuler à ce stage, merci d’envoyer un mail avec votre CV comprenant vos notes de Master 1 (si disponible) et obligatoirement vos notes de L3 et votre classement (obligatoire) en détaillant vos expériences ornithologiques ainsi qu’une lettre de motivation aux 3 adresses suivantes : joel.white@univ-tlse3.fr, jerome.moreau@u-bourgogne.fr, Karine.Monceau@Univ-Lr.Fr.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: joel.white@univ-tlse3.fr, jerome.moreau@u-bourgogne.fr, Karine.Monceau@Univ-Lr.Fr

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