Durée du stage : 2 mois (Juin et Juillet, ou Juin et Octobre 2022)

Profil recherché : Etudiant en BTS GPN, L3 ou M1, ou équivalent.

Indemnités de stage : oui (560€/mois).

Lieu du stage : UMR PIMIT – Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical, associant l’Université de la Réunion, le CNRS, l’IRD et l’INSERM. Le laboratoire est situé sur la plateforme technologique CYROI à Sainte-Clotilde, Ile de la Réunion.

Encadrement : Dr. Muriel DIETRICH (Institut de Recherche pour le Développement, IRD).

Afin de candidater, merci de contacter Muriel DIETRICH : muriel.dietrich@ird.fr en joignant un CV ainsi qu’une lettre de motivation à votre candidature.

Autres : Convention de stage obligatoire / Possibilité de travail les weekends.

Sujet de stage :
Les chauves-souris représentent plus de 1400 espèces et peuplent les différents habitats de notre planète depuis environ 50 millions d’années. Seuls mammifères à pouvoir voler, elles ont une capacité de déplacement relativement importante (Peel et al., 2013). Les chauves-souris sont aussi un réservoir important d’agents infectieux potentiellement pathogènes pour l’homme (Mollentze & Streicker, 2020). Très souvent, les animaux font face à des stress naturels, ou de nature anthropique, qui peuvent altérer leur capacité et stratégies de déplacement (Binning, Shaw & Roche, 2017). De plus, il est souvent attendu que les capacités de déplacement soient réduites en présence d’infection. Par exemple, des cygnes infectés par des virus influenza effectueraient des déplacements de plus courte distance (van Gils et al., 2007). De manière surprenante, bien que les chauves-souris soient reconnues mondialement comme un réservoir important d’agents infectieux, aucune étude ne s’est intéressée au lien entre infection et capacité de déplacement de ces hôtes.

L’objectif du projet est d’étudier les déplacements du Petit Molosse à La Réunion en relation avec le statut infectieux des individus. En particulier, nous testerons si l’infection a un impact négatif sur le déplacement, en comparant notamment la distance parcourue, la durée des sorties, et le nombre de gîtes visités entre individus infectés et non-infectés.

Pour répondre à cette question, le (la) stagiaire réalisera en parallèle un suivi sur le terrain et des analyses de biologie moléculaire en laboratoire. L’étudiant(e) travaillera en équipe avec d’autres stagiaires, ainsi que les encadrants.
• Sur le terrain, des Petits Molosses seront capturés et équipés avec un émetteur radio. Des mesures morphométriques et des échantillons (urine, fèces) seront également récoltés. Après leur relâcher, les individus équipés seront suivis à distance durant plusieurs nuits consécutives. Plusieurs équipes mobiles localiseront les chauves-souris équipées grâce à des antennes, et mesureront l’azimut de réception du signal pour déterminer la position des chauves-souris.
• Afin de déterminer le statut infectieux des individus équipés, les échantillons d’urine et fèces seront analysés au laboratoire par PCR pour rechercher la présence de paramyxovirus, coronavirus et bactéries leptospires. Des analyses biostatistiques seront ensuite utilisées pour comparer les différents paramètres de déplacements (surface, distance, durée, nombre de gîtes) entre les individus infectés et non-infectés.

Le (la) stagiaire aura pour missions :
– Le repérage en amont de la zone d’étude
– La participation à la capture et au suivi des individus équipés
– L’analyse des échantillons au laboratoire
– La saisie et l’analyse préliminaire des données d’infection

Compétences recherchées :
Le/la candidat/e devra avoir une formation en écologie, évolution et/ou épidémiologie et un intérêt pour la recherche en populations naturelles (faune sauvage). Il/elle devra avoir une affinité pour le travail de terrain comme pour le travail de laboratoire et l’analyse de données.
– Bonne aptitude au travail sur le terrain. Dans le cadre de ce stage, un grand nombre de déplacements est prévu. Le suivi télémétrique des chauves-souris est effectué de nuit pendant plusieurs heures (potentiellement jusqu’au lever du jour).
– Permis B voiture indispensable. Des véhicules de service seront utilisés pour le suivi télémétrique.
– Bonne rigueur et capacité d’organisation pour les analyses en laboratoire.

Références bibliographiques :
Binning SA, Shaw AK, Roche DG. 2017. Parasites and host performance: Incorporating infection into our understanding of animal movement. Integrative and Comparative Biology 57:267–280. DOI: 10.1093/icb/icx024.
van Gils JA, Munster VJ, Radersma R, Liefhebber D, Fouchier RAM, Klaassen M. 2007. Hampered foraging and migratory performance in swans infected with low-pathogenic avian influenza A virus. PLoS ONE 2:1–6. DOI: 10.1371/journal.pone.0000184.
Mollentze N, Streicker DG. 2020. Viral zoonotic risk is homogenous among taxonomic orders of mammalian and avian reservoir hosts. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 117:9423–9430. DOI: 10.1073/pnas.1919176117.
Peel AJ, Sargan DR, Baker KS, Hayman DTS, Barr JA, Crameri G, Suu-Ire R, Broder CC, Lembo T, Wang L-F, Fooks AR, Rossiter SJ, Wood JLN, Cunningham AA. 2013. Continent-wide panmixia of an African fruit bat facilitates transmission of potentially zoonotic viruses. Nature communications 4:2770. DOI: 10.1038/ncomms3770.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: muriel.dietrich@ird.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.