Contexte scientifique et résumé du projet de stage:
L’importance relative des effets de la densité d’individus et du climat sur la dynamique des populations (càd. taux de recrutement, taux de croissance) est une problématique classique mais toujours soumise à débat en écologie. Plus récemment, des travaux ont montré que les variations de la taille corporelle des individus, en influençant notamment leur survie et fécondité, peuvent également avoir un effet majeur sur les dynamiques écologiques. Pourtant, la part relative de ces trois effets densité-climat-taille et de leurs interactions potentielles sur les dynamiques écologiques restent encore peu explorés.

Les populations d’anchois (Engraulis encrasicolus) et de sardine (Sardina pilchardus) des golfes de Gascogne et du Lion, quatre stocks de poissons historiquement importants écologiquement et économiquement, ont connus depuis le milieu des années 2000 une forte diminution de leur taille et condition corporelles. Des travaux récents suggèrent que c’est la baisse de disponibilité ou de qualité de la nourriture (peut-être en lien avec l’augmentation du sprat – Sprattus sprattus) qui expliquerait le déclin de croissance dans le Golfe du Lion, alors que dans le Golfe de Gascogne le déclin de croissance de la sardine pourrait être lié à la densité et la température (Véron et al. 2020; Boëns et al. 2021). De plus, la sélection par la pêche contre les grands individus durant la période 2000-2006 pourrait avoir entraîné un processus adaptatif vers une croissance ralentie chez l’anchois puis, lorsque l’effort de pêche a diminué après 2006, les fortes densités pourraient, via la compétition pour la nourriture, avoir maintenu une croissance ralentie (Boëns et al. 2021).

L’implication de processus densité-dépendants dans le déclin de la croissance des anchois et des sardines est donc suspectée, mais non établie pour le Golfe du Lion. L’hypothèse repose pour l’instant uniquement sur des mesures de croissances à l’âge 0 (Boëns et al. 2021), et a besoin d’être consolidée sur l’ensemble des âges dans le Golfe de Gascogne. De plus, l’effet de la diminution des tailles-aux-âges sur la dynamique de ces stocks reste mal compris. L’objectif de ce stage et donc de quantifier chez l’anchois et la sardine l’effet des densités sur les tailles et, réciproquement, des tailles sur les densités, et comment ces effets réciproques peuvent être modulés par les températures et les ressources en nourriture. Ce stage est en lien avec deux thèses en cours à l’IFREMER sur les petits poissons pélagiques.

Outils et méthodes:
L’approche se base sur la modélisation statistique bayésienne de séries temporelles d’abondances (densités) et de taille moyenne aux âges avec des modèles état-espace implémentés dans le logiciel JAGS (Just Another Gibbs Sampler). En première approche, le modèle proposé par Stige et al. (2019) sera utilisé. En fonction de l’avancement du projet, il sera possible d’utiliser d’autres structures de modèles intégrant notamment la dynamique de la reproduction (i.e., relation stock-recrutement) pour tester la robustesse des conclusions du premier modèle. Les données de taille-aux-âges seront issues de campagnes halieutiques IFREMER (PELGAS et PELMED) pour les périodes 2000-2021 (Golfe de Gascogne) et 2002-2021 (Golfe du Lion), et pour lesquelles des informations d’abondance des poissons, de température et de disponibilité en nourriture sont disponibles. Ces données sont d’ores et déjà prêtes à l’utilisation.

Références bibliographiques :
– Boëns, A., P. Grellier, C. Lebigre, and P. Petitgas. 2021. Determinants of growth and selective mortality in anchovy and sardine in the Bay of Biscay. Fisheries Research 239:105947.
– Stige, L. C., L. A. Rogers, A. B. Neuheimer, M. E. Hunsicker, N. A. Yaragina, G. Ottersen, L. Ciannelli, Ø. Langangen, and J. M. Durant. 2019. Density- and size-dependent mortality in fish early life stages. Fish and Fisheries 20:962–976.
– Véron, M., E. Duhamel, M. Bertignac, L. Pawlowski, and M. Huret. 2020. Major changes in sardine growth and body condition in the Bay of Biscay between 2003 and 2016: temporal trends and drivers. Progress in Oceanography 182:102274.

Modalités pratiques :
Montant des indemnités de stage: Selon les modalités en vigueur à IFREMER.
Adresse où se déroulera le stage: UMR ESE, 65 rue de Saint Brieuc, Rennes.
Candidature : envoyer par e-mail un CV et une lettre de motivation au format pdf aux responsables du stage.
Responsables du stage:
– Eric Edeline : eric.edeline@inrae.fr, 02 23 48 55 23.
– Christophe Lebigre : christophe.lebigre@ifremer.fr, 02 98 22 49 08.
– Martin Huret : martin.huret@ifremer.fr, 02 98 22 41 36.
– Etienne Rivot : etienne.rivot@agrocampus-ouest.fr, 02 23 48 59.

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