Dynamique du microbiome des sols tropicaux en réponse à des apports de produits résiduaires organiques (PRO) – à quels pas de temps les observer et avec quelle méthode ?

Type d’emploi : stage de M2 – 5 à 6 mois en 2022 – début fin mars (flexible)
Compétences : Agronomie, science du sol, écologie microbienne
Lieu : Dakar, Sénégal

Contexte de l’étude

L’agroécologie est l’une des approches les plus prometteuses pour concevoir et mettre en œuvre des systèmes alimentaires durables. Parmi les grands principes de l’agroécologie défini par la FAO, le recyclage (5ème principe) et en particulier recyclage des produits résiduaires organiques (PRO) en agriculture offre un grand potentiel d’innovations. Le recyclage des PRO est une pratique millénaire et offre de multiples avantages (e.g. fermer les cycles des nutriments). Cependant, les apports de PRO dans les sols peuvent également représenter une source de contaminants (contaminants organiques tels que résidus d’antibiotiques ; éléments traces métalliques ; agents pathogènes ; …). Dans une optique d’intensification biologique de l’agriculture africaine, il est donc essentiel d’évaluer les conséquences d’une utilisation de ces PRO sur les communautés du sol (bactéries, champignons et autres micro-eucaryotes). Les micro-organismes du sol sont à la fois les plus prometteurs et les plus méconnus. Ces derniers fournissent de nombreux services aux plantes, incluant la promotion de croissance, l’apport de nutriments, la tolérance aux stress environnementaux et la protection contre les agents pathogènes. Connaitre et « piloter » ces communautés pour une optimisation des processus écosystémiques représente un front de science majeur pour le développement de l’agroécologie.

Objectifs et méthodologie :

Évaluer la dynamique à court et moyen terme ainsi que l’impact sur le long terme d’un épandage de PRO sur les communautés microbiennes du sol en maraichage dans un contexte subsaharien. Pour ce faire, nous proposons de nous baser sur le dispositif expérimental fortement instrumenté du SOERE-PRO Sénégal à Sangalkam. Ce site, mis en place depuis 2016, fait partie de l’observatoire de recherche SOERE-PRO (Systèmes d’Observation et d’Expérimentation au long terme pour la Recherche en Environnement – pour plus d’information, consulter https://www6.inrae.fr/valor-pro/Presentation-de-l-observatoire-SOERE-PRO).

Quatre traitements seront échantillonnés dans le cadre de ce projet : apport de litières de volaille, apport de boues de station d’épuration méthanisés, apport de digestat de méthanisation de bouse de vache, témoin fertilisation minérale. Un suivi temporel sera réalisé au cours de l’année 2022 sur les cycles de laitue et de carotte. Deux méthodologies seront combinées pour la caractérisation des communautés du sol : l’usage des « phospholipid fatty acid » (PLFA-provenant des membranes cellulaires) et de l’ADN du sol (métabarcoding).

Activités et sorties attendues :

Le candidat aura à effectuer un riche éventail de tâches du métier de chercheur :
 Étudiera l’état de l’art dans le domaine de l’impact des PRO sur les microorganismes du sol, et plus particulièrement en maraichage
 Participera aux campagnes d’échantillonnage de sol pour des analyses physico-chimiques et moléculaires ultérieures
 Réalisera des analyses en laboratoire (extractions d’ADN du sol, extractions PLFA)
 Analysera les données collectées
 Rédigera un rapport de stage structuré sur le modèle d’une publication scientifique
 Diffusera les conclusions de son travail à travers des séminaires (notamment d’unité)

Profil recherché
• Étudiant en Master 2 ou niveau équivalent (les stages de césures sont acceptés) avec une spécialisation en agronomie, écologie microbienne ou sciences du sol
• Ponctualité et savoir-être, enclin à travailler en équipe
• Motivé par le travail de terrain et de laboratoire
• Bonne connaissance des statistiques uni- et multi- variées et si possible du langage R
• Esprit de synthèse et bonne capacités rédactionnelles
• Connaissance de l’anglais (lecture d’articles scientifiques, rédaction)
Site et équipe:
UR Recyclage et Risque et HortSys (CIRAD), LMI IESOL – station ISRA Bel-Air, Dakar, Sénégal. Missions de terrain à Sangalkam (en périphérie de Dakar) pour réaliser les échantillonnages.
Superviseurs:
Marie-Liesse Vermeire (Écologie microbienne) et Paula Fernandes (Écologie microbienne)
Gratification
Bourse de 580 €/mois, billet d’avions pour le Sénégal
Candidature
Envoyer votre candidature à marie-liesse.vermeire@cirad.fr avant le 15 mars. Pour toutes informations complémentaires, contacter également Marie-Liesse Vermeire. Les candidat(e)s pré-sélectionné(e)s seront auditionné(e)s lors d’un entretien qui pourra se tenir en visioconférence.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: marie-liesse.vermeire@cirad.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.