– Laboratoires d’accueil :
Le stage sera co-encadré par deux laboratoires de l’Université Rouen-Normandie
Le laboratoire GlycoMEV UR 4358, axe “Glycomolécules et défense racinaire” – SFR Normandie Végétal FED 4277
Le laboratoire ECODIV USC INRAE 1499 – Étude et COmpréhension de la bioDIVersité –
– Lieu de stage : Le stage se déroulera à ECODIV et à GlycoMEV, en fonction des manipulations à réaliser. Les deux laboratoires sont situés sur le campus de Mont-Saint-Aignan, dans deux bâtiments distincts, mais à côté l’un de l’autre.
– Durée du stage : 6 mois
– Contexte de l’étude :
Le sol est un milieu complexe, structuré, considéré comme le plus important réservoir d’espèces vivantes, tant en densité qu’en diversité. Selon leur taille, ces organismes du sol sont le plus souvent répartis dans quatre grands groupes : les microorganismes, la microfaune, la mésofaune et la macrofaune. Via leurs racines, les plantes interagissent physiquement et chimiquement avec ces communautés au sein d’une zone spécifique d’intenses échanges : la rhizosphère . Grâce aux rhizodépôts libérés par les racines, notamment les exsudats racinaires (mélange moléculaire complexe et riche en matière organique), le sol rhizosphérique est enrichi en microorganismes par rapport au sol brut adjacent (Zhalnina et al., 2018). Ce microbiote rhizosphérique, ainsi assemblé par la plante autour de ses racines, est essentiel pour son développement et sa résistance aux stress biotiques et abiotiques (Berendsen et al., 2025 ; Shafi and Shahid, 2025). Les bactéries contribuent largement au microbiote rhizosphérique, puisqu’il s’agit de la communauté la plus dense, la plus diversifiée et présentant le temps de génération le plus court.
Les exsudats racinaires contiennent des milliers, voire des dizaines de milliers de molécules, et leur composition complexe varie en fonction de l’espèce végétale, de son âge et de ses conditions de culture. De ce fait, à l’heure actuelle, aucune composition exhaustive des exsudats racinaires d’une plante n’a encore été publiée (Oburger and Jones, 2018). Cette difficulté technique rend délicate l’étude des mécanismes d’action de ce cocktail moléculaire dans l’assemblage du microbiote rhizosphérique, comme l’attraction d’espèces bénéfiques par chimiotactisme, l’apport de nutriments pour leur maintien dans la rhizosphère et la formation éventuelle de biofilms bactériens protecteurs sur les racines (Fourneau et al., 2024 ; 2026). De nombreuses recherches sont actuellement menées dans ce domaine, car le décryptage des signaux moléculaires contenus dans les exsudats racinaires pourrait permettre de moduler le microbiote rhizosphérique de la plante et d’ainsi limiter l’usage d’intrants chimiques en agriculture (Ehinmitan et al., 2024).
L’intervention des autres organismes du sol, de taille plus importante, dans les interactions racines-sol et racines-microorganismes est également fondamentale, que ce soit de façon directe ou indirecte. Parmi ces organismes telluriques, les collemboles, petits arthropodes mesurant en général entre 1 et 3 mm, appartenant à la mésofaune, sont impliqués i) dans la modulation des populations bactériennes dans le sol par consommation (Coulibaly et al., 2019), ii) dans leur dissémination après fixation des bactéries sur les soies du corps (Becher et al., 2020) et iii) dans la modification de la qualité des rhizodépôts (Levasseur et al., 2025). Cependant, peu d’études se sont focalisées sur le rôle des rhizodépôts, et plus précisément des exsudats racinaires, sur l’attraction ou la répulsion des collemboles et la possible conséquence sur la dispersion des bactéries rhizosphériques.
Ainsi, nous proposons dans ce stage d’explorer ces interactions tripartites (Rhizodépôts/exsudats racinaires-Bactéries-Collemboles) par la réalisation de microcosmes en laboratoire contenant différentes combinaisons de ces acteurs.
Dans chaque dispositif incubé en conditions contrôlées durant 7 jours, au cours et à l’issue de l’expérience seront réalisés :
-> L’extraction de l’ADN total du sol, suivie d’études métagénomiques afin de décrire les communautés microbiennes.
-> Le dénombrement des collemboles lorsqu’ils seront présents.
Des tests de chimiotactisme seront également réalisés sur les collemboles in vitro, afin d’évaluer l’attractivité des exsudats racinaires issus des différentes plantes de l’étude.
– Profil souhaité du (de la) candidat(e) :
-> Très bon niveau en Microbiologie et Biologie moléculaire (Master 2).
-> Bonnes connaissances en Ecologie et Physiologie végétale
-> Méticulosité et soin dans les manipulations
-> Bonne capacité de rédaction et de lecture de la bibliographie
-> Autonomie, rigueur, aimer apprendre et découvrir !
-> Capacité à échanger avec plusieurs interlocuteurs
-> Maitrise de R
– Dossier à envoyer : CV, lettre de motivation et relevés de notes de L3 et M1 (ou équivalent) au plus tard le 18 octobre 2026.
– Contacts : (merci d’envoyer votre dossier aux quatre destinataires indiqués ci-dessous)
barbara.pawlak@univ-rouen.fr et Josselin.bodilis@univ-rouen.fr (Laboratoire GlycoMEV)
estelle.forey@univ-rouen.fr et matthieu.chauvat@univ-rouen.fr (Laboratoire ECODIV)
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