Bonjour
Nous recherchons un candidat pour une thèse à l’UMR -CNRS ECOBIO en collaboration avec l’entreprise Yves Rocher, intitulée:
« Du microbiote aux pollinisateurs : quels impacts des plantes compagnes? »
Les candidatures sont à envoyer à Cendrine Mony (cendrine.mony@univ-rennes1.fr) avant le 17 septembre (CV + lettre de motivation).
Le sujet est joint
cordialement
Joan van Baaren

INFORMATIONS GÉNÉRALES
Titre de la thèse : Du microbiote aux pollinisateurs : quels impacts des plantes compagnes ?
Acronyme : MICROPOLL
Champ disciplinaire 1 : Ecologie
Champ disciplinaire 2 : Agronomie

Trois mots-clés : microbiote-plantes-pollinisateurs, communautés, diversité floristique
Unité d’accueil : UMR-CNRS 6553 ECOBIO et Institute of Plant Protection-Chinese Academy of Agricultural Science
Nom, prénom du directeur de thèse (HDR indispensable): Mony Cendrine
Adresse mail : cendrine.mony@univ-rennes1.fr
Nom, prénom du co-directeur (le cas échéant) (HDR indispensable): Vandenkoornhuyse Philippe
Adresse mail : philippe.vandenkoornhuyse@univ-rennes1.fr
Nom, prénom du co-encadrant de thèse 1 (le cas échéant) : Van Baaren Joan
Adresse mail : joan.van-baaren@univ-rennes1.fr
Nom, prénom du co-encadrant de thèse 2 (le cas échéant) : Personne à définir de l’entreprise Yves Rocher

Financement (origine et montant) : bourse CIFRE
Contact(s) (adresse postale) : Cendrine Mony, Joan van Baaren
Mode de recrutement
Le mode de recrutement du doctorant dépend de la nature du financement du projet de thèse. Pour identifier le mode de recrutement, veuillez consulter le site web de l’ED EGAAL – cliquez ici. Le projet de thèse ne sera pas publié si cette information est manquante.
☐ Concours ☒ Entretien ☐ Autre (précisez) :

DESCRIPTION SCIENTIFIQUE DU PROJET DE THÈSE
Contexte socio-économique et scientifique : (10 lignes)
Le service agronomie Yves Rocher produit, à La Gacilly, des plantes médicinales en agriculture biologique à destination cosmétique, expérimente en agroécologie et biodiversité. Sa mission d’expérimentation vise à améliorer son propre système de production en s’appuyant sur la complexité du vivant pour mieux produire en quantité et qualité et contribuer à l’évolution des pratiques agricoles. Pour aller plus loin dans la connaissance de ces mécanismes à la pointe de l’innovation en agriculture et en écologie et être en cohérence avec son système de production de plantes en agroécologie, l’entreprise Yves Rocher s’implique avec l’université de Rennes dans un programme de recherche pour comprendre l’intérêt des plantes compagnes aux cultures (adventices, couverts hivernaux) sur les règles d’assemblage des populations microbiennes des sols. En effet, ces organismes mutualistes, associés aux racines des plantes, jouent un rôle majeur dans leur croissance et leur reproduction, en modifiant les phénotypes des plantes. L’objectif de cette thèse est de comprendre le rôle des plantes compagnes sur le microbiote des plantes cultivées afin de l’optimiser pour la croissance des plantes et pour les pollinisateurs.

Hypothèses et questions scientifiques (8 lignes) La diversité floristique au sein d’un agrosystème (que ce soit simultanément aux plantes cultivées (les adventices ou les co-cultures) ou saisonnier (couverts hivernaux entre deux cultures)) peut conditionner les assemblages de microorganismes présents dans le sol par un effet d’empreinte d’une plante sur le pool présent, mais également par la transmission via la dispersion des microorganismes d’une plante à l’autre. Les microorganismes associés aux plantes sont susceptibles de modifier leur physiologie et leur biomasse mais aussi leurs traits floraux. Par ailleurs, les microorganismes peuvent jouer un rôle majeur sur les interactions avec les pollinisateurs en modifiant notamment les métabolites secondaires, et ainsi la qualité et l’attractivité du nectar. Cette thèse vise à approfondir les connaissances des interactions « plantes compagnes-plantes cultivée » sur le microbiote, les interactions « microbiote-plante cultivée » et « microbiote-plante cultivée-pollinisateurs ».
Principales étapes de la thèse et démarche (10-12 lignes)
Cette thèse sera réalisée à l’UMR ECOBIO et en partie à La Gacilly, dans les champs de fleurs à floraison massive (Astéracées) de l’entreprise Yves Rocher. Elle comportera 3 axes :
Axe 1: Analyser la sensibilité des plantes aux microorganismes
Il s’agira de déterminer si les espèces choisies sont sensibles à la qualité microbiologique du sol.
Axe 2: Effet de plantes compagnes sur le microbiote, le phénotype des plantes et leur attractivité par rapport aux pollinisateurs: effet synchronique ou asynchronique
L’objectif est d’analyser l’effet des plantes compagnes (flore spontanée, plantes de co-culture, couverts hivernaux) sur le microbiote des plantes cultivées par l’entreprise et sur leurs traits phénotypiques en lien avec les molécules d’intérêt pour l’entreprise et l’attractivité des pollinisateurs
Axe 3- Analyse in situ de l’effet du voisinage d’adventices sur la dynamique spatio-temporelle du microbiote et son impact sur le phénotype et l’attractivité de la plante
Cette étude aura pour but d’analyser, au sein des parcelles de l’entreprise, l’influence des adventices dans le temps et dans l’espace sur le microbiote, les traits de la plante et les interactions avec les pollinisateurs.
Approches méthodologiques et techniques envisagées (4-6 lignes)
Cultures de plantes en conditions contrôlées ou semi-contrôlées avec inoculation de microorganismes (Axes 1 et 2)
Suivi en plein champs : analyse de la composition floristique en adventices, prélèvement de plantes et quantification des visiteurs des fleurs (Axe 3)
Analyse du microbiote dans différents compartiments des plantes par séquençage massif (Axes 1, 2, 3)
Mesure du phénotype des plantes (biomasse, traits floraux et analyse chimique du nectar) et tests expérimentaux d’attractivité des plantes pour les pollinisateurs (Axes 1, 2 et 3)

Pour l’ensemble des axes, le candidat aura l’opportunité d’interagir avec le monde de la recherche privée et académique mais aussi le grand public en communiquant sur ses travaux innovants.
Compétences scientifiques et techniques requises pour le candidat
Intérêt pour l’écologie microbienne, les relations mutualistes plantes-microorganismes-insectes pollinisateurs, le terrain, la botanique. Expérience souhaitée en biologie moléculaire. Maîtrise des outils statistiques et du logiciel R. Qualité rédactionnelle et de communication orale requise en anglais.
ENCADREMENT DE LA THÈSE
Nom de l’unité d’accueil :
UMR-CNRS 6553 ECOBIO Nom de l’équipe d’accueil :
NA (unité organisée en thèmes)

Nom du directeur de l’unité :
VAN BAAREN Joan Nom du responsable de l’équipe :

Coordonnées du directeur de l’unité :
Joan.van-baaren@univ-rennes1.fr Coordonnées du responsable de l’équipe :

FINANCEMENT DE LA THÈSE
Origine(s) du financement de la thèse : Bourse CIFRE
Salaire brut mensuel :
État du financement de la thèse : Non acquis

Date du début/durée du financement de la thèse : dossier CIFRE à déposer dès le choix du candidat, recrutement environ 6 mois après le dépôt du dossier (mars 2022 ?)

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: cendrine.mony@univ-rennes1.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.