Post-doc / Chargé(e) de mission scientifique « revue systématique » Chiroptères et Agriculture (18 mois)
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Localisation : Auffargis (78)
Salaire (net) : rémunération selon expérience et grille MNHN
Durée : 18 mois
Prise de fonction visée : entre le 15/05/2023 et le 30/06/2023
Date limite de candidature : 07 avril 2023
Collaboration MNHN, CESCO, UAR PatriNat, OFB (DRAS), FCEN dans le cadre du PNA Chiroptères
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Au sein du 3ème Plan National d’Actions Chiroptères initié en 2016, l’Action 9 – “Intégrer les Chiroptères dans les pratiques agricoles”, a pour but de concilier pratiques agricoles et préservation des Chiroptères en guidant exploitants et gestionnaires dans une meilleure prise en compte des chauves-souris dans leurs activités. Pour mener à bien cette action et produire des outils adéquats, un groupe de travail « chiroptères et agricultures » a été constitué. Celui-ci a relevé le fait qu’il n’existe actuellement aucune synthèse bibliographique sur laquelle s’appuyer pour sensibiliser les acteurs, informer la communauté scientifique et naturaliste, voire prioriser les axes de recherches futurs sur cette thématique et mettre en place des outils et des mesures de conservation efficaces. Pour combler ces lacunes, le GT initialement formé a identifié un besoin prioritaire : réaliser une revue systématique de la littérature scientifique. L’Office française de la biodiversité (OFB), le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN – UMR 7204 CESCO et UAR Patrinat) et la Fédération des conservatoires d’espaces naturels qui ont pour mission de produire une expertise scientifique et technique en faveur de la conservation de la biodiversité, ont été désignées pour encadrer ce travail.
Ce projet vise à réaliser une revue systématique de la littérature scientifique autours de deux grands axes principaux : (1) Quels sont les effets connus des pratiques agricoles sur les populations de chiroptères (MAEC comprises) à différentes échelles spatiales ? (2) Quel est le rôle des chiroptères dans les réseaux trophiques associés aux écosystèmes agricoles et notamment leur contribution à la régulation de certains ravageurs de cultures ? (voir le résumé scientifique en annexe).
Dans ce contexte, nous recherchons un.e chargé.e de mission niveau doctorat ou niveau ingénieur avec expérience en synthèse bibliographique (revue systématique) afin de mener ce travail.
— Missions —
Ce travail comprendra :
– une recherche de la littérature scientifique et grise en mobilisant différentes sources et en sollicitant un ensemble de partenaire mobilisé sur la thématique chiroptères-agriculture ;
– un tri de la littérature collectée et un référencement de la littérature disponible ;
– une analyse critique des publications afin d’identifier leur niveau de biais ;
– une extraction des métadonnées pour la réalisation d’une base de données organisée ;
– valorisations techniques et scientifiques : communication orale, articles scientifiques en anglais (revue systématique et protocole associé) et document technique opérationnel en français ;
– encadrement d’un M2 en appuis la deuxième année pour la réalisation d’outils opérationnels.
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Durée du contrat et prise de fonction : 18 mois.
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Encadrement : Contrat MNHN, CESCO, UMR 7204, 75005 Paris. Encadrement scientifique et technique : Florence Matutini (OFB, DRAS) ; Julie Marmet (MNHN, PatriNat & CESCO) ; Valérie Wiorek (FCEN) et Isabelle Le Viol (MNHN, CESCO).
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Localisation : Hébergement principal à Auffargis (78) dans les locaux de l’OFB (Direction de la Recherche et de l’Appui Scientifique (DRAS), Service Santé de la faune et fonctionnement des écosystèmes agricoles) ; Déplacements réguliers (défrayés) au CESCO MNHN au Jardin des Plantes à Paris (75005).
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Relations professionnelles
Partenaires internes et externes (à titre indicatif, non exhaustif) : agents de l’OFB, des CEN, du CESCO et de l’UAR PatriNat, experts extérieurs, notamment le collège d’experts qui accompagnera le travail. Un COPIL aux compétences variées issues du milieu académique (MNHN, INRAE, AgroParisTech, SupAgro et CNRS) ou non-académique (OFB, Parc nationaux, chambres d’agriculture, institut techniques agricoles, SFEPM, etc.) est en cours d’organisation pour le suivi de ce projet.
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Compétences et connaissances nécessaires
Formation : Doctorat en écologie/agronomie ou domaine apparenté ou Master 2 avec expérience.
Compétences et qualités demandées :
– Habitude dans le travail bibliographique (requête dans les bases de données, gestion de volumes importants de publications, représentation des données, etc.) ;
– Maitrise de l’anglais scientifique et technique ;
– Capacités rédactionnelles, esprit de synthèse et goût pour le travail d’analyse et de réflexion ;
– Autonomie et goût pour le travail en équipe.
La connaissance – voire une expérience – concernant les enjeux environnementaux liés aux écosystèmes agricoles et/ou aux chiroptères, sera un atout indéniable.
Les points suivants seront aussi considérés comme des avantages pour le candidat :
– Avoir déjà réalisé ou a minima participé à une carte systématique, une revue systématique ou une méta-analyse, ou à défaut à une synthèse bibliographique de type « review » ;
– Avoir suivi une formation sur la conduite des cartes et revues systématiques.
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Horaires et conditions de travail
– Contrat de projet, temps plein, contrat de droit public à durée déterminée ;
– Horaires spécifiques aux activités de recherche ;
– 35h35 par semaine et 44 jours de congés annuels ;
– Il/Elle pourra être amené·e à se déplacer en métropole pour échanger avec différents collaborateurs-trices.
Avantages :
– Remboursement de 50% des frais de transport en commun ou forfait mobilité durable (vélo ou covoiturage)
– Télétravail possible jusqu’à deux jours par semaine
Contact et candidature
CV et LM à adresser à florence.matutini@ofb.gouv.fr et julie.marmet@mnhn.fr.
Pour toute précision, les candidats sont invités à prendre contact au préalable avec Florence Matutini, chargée de recherche à l’Office Français de la Biodiversité (florence.matutini@ofb.gouv.fr ; +33.(0)1.30.46.60.58).
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Annexe : résumé du projet
Les espaces agricoles représentent plus de 38% de la surface terrestre émergée et plus de la moitié du territoire national. Les paysages agricoles constituent un levier important pour la conservation de la biodiversité (Wright et al. 2011). La modification des pratiques au cours des années 1950, associées au développement de l’agriculture intensive, a eu des conséquences importantes sur la biodiversité. Ces pratiques sont notamment associées à une forte augmentation de l’utilisation des intrants chimiques de synthèse et à une homogénéisation des paysages avec une forte réduction des milieux naturels et semi-naturels. Ces modifications sont des causes majeures du déclin documenté chez de nombreux groupes biologiques tels que les arthropodes, les amphibiens, les oiseaux et les mammifères (ex. Seibold 2019, Kleijn et al., 2011). Grâce au développement récent de la bioacoustique et à la mise en place d’un programme de science participative Vigie-Chiro, ce déclin a pu être documenté chez les Chiroptères, y compris les espèces communes qui fréquentent les espaces agricoles (Bas et al. 2020). Or, par leur mode de vie (notamment une importante longévité et une faible fécondité) et leur sensibilité aux perturbations environnementales, les chiroptères sont souvent considérés comme des espèces bioindicatrices, c’est-à-dire que leur présence dans l’écosystème témoigne d’une bonne qualité du milieu (Russo et al. 2021).
En Europe, de nombreuses espèces de chauves-souris vivent en lien étroit avec les écosystèmes agricoles. La nature de cette relation est fortement dépendante des systèmes agricoles considérés et des pratiques associées. Par exemple, l’hétérogénéité spatiale (structurelle et compositionnelle) associée à une mosaïque paysagère diversifiée et à un réseau de haies hautes et denses issus des systèmes de polyculture-élevage extensifs (ex. le bocage) jouent un rôle important pour la conservation de nombreuses espèces de chiroptères (ex. Froidevaux et al. 2022, Pinaud et al. 2018, Laforge et al 2021) et plus largement sur la biodiversité (Tscharntke et al. 2021). Au contraire, certaines pratiques intensives (ex. l’utilisation de certains pesticides et antiparasitaires tels que les ivermectines, la destruction des vieux arbres et l’arrachage des haies, la diminution et la transformation des bâtiments agricoles) et l’homogénéisation des paysages ont eu des conséquences importantes sur les populations et sur leur ressources alimentaires (Frick et al. 2020, Schanzer et al. 2022).
Par leur niveau trophique élevé et leur régime alimentaire essentiellement insectivore, les chauves-souris ont également un rôle important dans le fonctionnement des écosystèmes agricoles, notamment par une régulation des populations d’insectes qu’elles consomment. Parmi ces insectes, elles consomment de nombreux ravageurs comme les tordeuses eudémis et cochylis (les vers de la grappe), le carpocapse du pommier, la mouche de l’olive, les pyrales ou encore la processionnaire du pin. Une étude américaine a par exemple estimé que le déclin des populations de chauves-souris à cause du syndrome du museau blanc et du développement éolien en Amérique du Nord entraînerait des pertes agricoles de 3,7 à 53 milliards de dollars par an (Boyles et al. 2011). Ainsi, de plus en plus d’agriculteurs tentent de favoriser la présence de chauves-souris dans leurs parcelles en installant des gîtes artificiels (ex. en vergers) ou en mettant en place des “infrastructures agro-écologiques” qui ont pour vocation principale d’augmenter l’activité des chauves-souris dans les parcelles dans un objectif de régulation d’insectes ravageurs. Cependant, ces mesures doivent être accompagnées de pratiques agricoles plus vertueuses et de mesures de conservation des habitats à proximité. Or, la littérature scientifique associée pour améliorer les connaissances appliquées et opérationnelles demeure rare et diffuse.
Enfin, outre le développement du savoir académique, il y a actuellement un besoin croissant de centralisation des connaissances scientifiques existantes et de traduction opérationnelle afin de les rendre accessibles aux acteurs des territoires. Ceci permettrait notamment un meilleur accompagnement des acteurs vers une transition agro-écologique des systèmes agricoles à l’échelle nationale voire européenne. La littérature scientifique sur les interactions agricultures-chiroptères dans le monde mais également en Europe de l’Ouest s’est fortement enrichie ces dernières années, notamment grâce au développement de la bioacoustique. Cette littérature couvre différents champs disciplinaires tels que l’écologie spatiale (ex. sélection d’habitat, connectivité écologique, déplacements), l’écologie du paysage (ex. effet de l’hétérogénéité spatiale), la génétique des populations, les études de régimes alimentaires (ex. régulation des ravageurs), etc. Elle couvre également différents milieux, notamment les agro-écosystèmes, avec dans certains cas des objectifs appliqués (ex. évaluation des mesures agro-environnementales, effets de pratiques agricoles à différentes échelles spatiales, régulation biologique, etc.). Aujourd’hui, de plus en plus d’acteurs souhaitent avoir accès à ces connaissances appliquées et à leur traduction opérationnelle dans une perspective de formation (ex. lycées agricoles et CFPPA) mais également pour les mettre en application.
Dans un objectif de transition agricole et de conciliation entre agriculture et biodiversité, il est aujourd’hui nécessaire de documenter et de développer des pratiques agricoles plus vertueuses. Ceci implique, dans un premier temps, de rassembler les connaissances existantes, notamment sur les chiroptères dans les paysages agricoles européens. Cela implique également que mieux définir le rôle potentiel des chiroptères comme espèces-modèles pour étudier les effets multi-échelles des pratiques agricoles sur la biodiversité fonctionnelle. L’objectif de ce projet est donc de synthétiser les connaissances existantes, à l’aide des outils de revues systématiques, autours de deux grands axes principaux : (1) Quels sont les effets connus des pratiques agricoles sur les populations de chiroptères (MAEC comprises) à différentes échelles spatiales ? (2) Quel est le rôle des chiroptères dans les réseaux trophiques associés aux écosystèmes agricoles et notamment leur contribution à la régulation de certains ravageurs de cultures ?
Références :
Bas Y, Kerbiriou C, Roemer C & Julien JF (2020, June) Bat population trends. Muséum national d’Histoire naturelle. Retrieved from https://croemer3.wixsite.com/teamchiro/population-trends
Boyles JG, Cryan PM, McCracken GF, Kunz TH (2011) Economic importance of bats in agriculture. Science (80- ) 332:41–42. https://doi.org/10.1126/science.1201366
Froidevaux JSP, Laforge A, Larrieu L, et al (2022) Tree size, microhabitat diversity and landscape structure determine the value of isolated trees for bats in farmland. Biol Conserv 267:. https://doi.org/10.1016/j.biocon.2022.109476
Kleijn, D., Rundlöf, M., Scheper, J., Smith, H. G., & Tscharntke, T. (2011). Does conservation on farmland contribute to halting the biodiversity decline?. Trends in ecology & evolution, 26(9), 474-481.
Laforge, A., Archaux, F., Coulon, A., Sirami, C., Froidevaux, J., Gouix, N., … & Barbaro, L. (2021). Landscape composition and life‐history traits influence bat movement and space use: Analysis of 30 years of published telemetry data. Global Ecology and Biogeography, 30(12), 2442-2454.
Pinaud D, Claireau F, Leuchtmann M, Kerbiriou C (2018) Modelling landscape connectivity for greater horseshoe bat using an empirical quantification of resistance. J Appl Ecol 55:2600–2611. https://doi.org/10.1111/1365-2664.13228
Russo, D., Salinas-Ramos, V. B., Cistrone, L., Smeraldo, S., Bosso, L., & Ancillotto, L. (2021). Do We Need to Use Bats as Bioindicators?. Biology, 10(8), 693.
Seibold, S., Gossner, M. M., Simons, N. K., Blüthgen, N., Müller, J., Ambarlı, D., … & Weisser, W. W. (2019). Arthropod decline in grasslands and forests is associated with landscape-level drivers. Nature, 574(7780), 671-674.
Schanzer, S., Koch, M., Kiefer, A., Jentke, T., Veith, M., Bracher, F., … & Müller, C. (2022). Analysis of pesticide and persistent organic pollutant residues in German bats. Chemosphere, 305, 135342.
Tscharntke, T., Grass, I., Wanger, T. C., Westphal, C., & Batáry, P. (2021). Beyond organic farming–harnessing biodiversity-friendly landscapes. Trends in ecology & evolution, 36(10), 919-930.
Wright, H. L., Lake, I. R., & Dolman, P. M. (2012). Agriculture—a key element for conservation in the developing world. Conservation Letters, 5(1), 11-19.
Références techniques sur les revues systématiques :
SORDELLO R., VILLEMEY A., JEUSSET A., VARGAC M., BERTHEAU Y., COULON A., DENIAUD N., FLAMERIE DE LACHAPELLE F., GUINARD E., JACTEL H., JASLIER E., LE MITOUARD E., RAUEL V., ROY V., VANPEENE S., WITTE I., TOUROULT J. (2017). Conseils méthodologiques pour la réalisation d’une revue systématique à travers l’expérience de COHNECS-IT. Rapport MNHN, Irstea, UPMC, Cerema, Inra. 36 pages + Annexes.
Dicks, L. V., Walsh, J. C., & Sutherland, W. J. (2014). Organising evidence for environmental management decisions: a ‘4S’hierarchy. Trends in ecology & evolution, 29(11), 607-613.
Collaboration for Environmental Evidence. 2022. Guidelines and Standards for Evidence synthesis in Environmental Management. Version 5.1 (AS Pullin, GK Frampton, B Livoreil & G Petrokofsky, Eds) www.environmentalevidence.org/information-for-authors.
Foo, Y. Z., O’Dea, R. E., Koricheva, J., Nakagawa, S., & Lagisz, M. (2021). A practical guide to question formation, systematic searching and study screening for literature reviews in ecology and evolution. Methods in Ecology and Evolution, 12(9), 1705-1720.
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