Contexte :
L’agriculture fait aujourd’hui face à une demande croissante en produits agricoles et aux exigences de réduction de ses impacts sur l’environnement. Parmi les solutions potentielles, le concept d’intensification écologique permettrait de concilier la diminution des apports anthropogéniques dans les cultures et le maintien des rendements agricoles. Cette solution repose sur l’utilisation des services écosystémiques, en particulier le biocontrôle des ravageurs par leurs prédateurs naturels, en remplacement des traitements phytosanitaires. Pour sa mise en application, il est nécessaire d’étudier les interactions trophiques entre les différents arthropodes présents dans les cultures, et la dynamique de ces interactions, ainsi que l’influence du paysage et des pratiques agricoles.
Les Carabes (Coléoptères Carabidés) sont des modèles particulièrement utilisés dans ces études. Ce sont pour la plupart des prédateurs généralistes, qui présentent une large gamme de traits phénotypiques et fonctionnels, et qui sont ubiquistes dans les paysages agricoles. Par ailleurs, leur rôle dans le bio-contrôle a déjà été démontré. Pour obtenir le spectre de proies qu’ils consomment et ainsi identifier leur contribution à la régulation des ravageurs, il est possible de procéder au séquençage à haut débit de leurs contenus stomacaux.
Dans le cadre du projet ANR IMAgHO (Augmenter la multifonctionnalité des agroécosystèmes par l’exploitation des réseaux trophiques), nous cherchons à étudier les dynamiques des réseaux trophiques en ciblant les Carabes dans les parcelles de colza de la Zone Atelier-Plaine & Val de Sèvre (ZAPVS), en partenariat avec le Centre d’Étude Biologique de Chizé (CEBC).
Objectif :
Afin de suivre la dynamique du régime alimentaire des Carabes, nous souhaitons capturer des spécimens dans les champs de colza de la ZAPVS durant les saisons de culture 2020-2021 et 2021- 2022. Une première campagne de piégeage de Carabes a été réalisée en automne 2020 et au printemps 2021 dans 23 parcelles de colza. Une seconde campagne de collecte doit être réalisée en automne 2021 et au printemps 2022.
Plusieurs centaines de contenus stomacaux provenant des échantillons déjà collectés ont pu être séquencés selon la méthode des méta codes-barres (oumetabarcoding). De nouveaux échantillons seront collectés cette année. L’analyse de tous ces échantillons permettra de révéler le spectre de proies animales et végétales consommés par les Carabes. Parmi cette communauté, une espèce retient particulièrement notre attention. Il s’agit de Nebria salina, très abondante dans le colza (un tiers des spécimens capturés), présente à la fois au printemps et en automne et carnivore majoritairement. C’est par ailleurs une espèce pour laquelle on dispose d’individus à l’état larvaire.
Mission :
Le stage est d’une durée de 6 mois (janvier – juin 2022). L’ensemble des étapes allant de la collecte des échantillons jusqu’à l’analyse des résultats dépassant largement la durée d’un stage de 6 mois, le candidat travaillera sur des données déjà disponibles. Ainsi, le début du stage consistera à analyser les résultats de métabarcode obtenus en 2021 avec un focus sur les données obtenues pour Nebria salina (abondance, régime alimentaire d’octobre à juin et données morphométriques). La seconde partie du stage, de fin-mars jusqu’à mi-juin, sera consacrée au travail de terrain. Le candidat aura la tâche de réaliser des collectes toutes les deux semaines dans les champs de colza de la ZAPVS. Il s’agira d’activer les pièges Barber (déjà installés dans les parcelles échantillonnées) durant l’après- midi, de les récupérer le lendemain matin et d’en faire le tri en fin de matinée. En fonction des préférences du candidat, il sera également possible de réaliser l’identification des Carabes capturés, la dissection de leur tube digestif ainsi que les différentes étapes de préparation des échantillons pour le séquençage à haut débit.Les travaux de terrain auront lieu au Centre d’étude biologique de Chizé (dans les deux Sèvres) et nécessiteront des séjours réguliers d’une semaine sur place. Lors de ces séjours, le candidat sera logé directement au CEBC. Les travaux de laboratoire comprenant l’identification des insectes, la dissection des carabes, auront lieu à l’Université de Tours (IRBI).
Compétences souhaitées : – Niveau Master 2 (en cours)
– Connaissances en entomologie (savoir reconnaître un Carabe d’un autre Coléoptère est indispensable) et aisance dans l’utilisation de guides d’identification
– Aisance sur le terrain (le travail de terrain peut parfois être éprouvant !)
– Une connaissance des différentes techniques de biologie moléculaire (extraction, PCR, électrophorèse, purification) serait un plus
– Capacités d’analyse, de synthèse et rédactionnelle
– Permis de conduire et véhicule personnel indispensable pour les tournées dans les champs de colza
Merci d’envoyer votre candidature (CV et lettre de motivation) à Stéphane BOYER, professeur (stephane.boyer@univ-tours.fr) et Yohann GRAUX, doctorant (yohann.graux@etu.univ-tours.fr)

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: stephane.boyer@univ-tours.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.