Présentation INRAE
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités
Vous exercerez votre stage au sien de l’UMR Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL) situé à Thonon-les-Bains en Haute-Savoie. Plus d’information disponibles : https://carrtel.lyon-grenoble.hub.inrae.fr/unit
Contexte :
L’altération de la diversité biologique sous l’effet des activités anthropiques a franchi un point critique compromettant durablement la stabilité et la résilience des milieux naturels (Richardson et al. 2023). C’est dans les écosystèmes d’eau douces que cette perte est la plus forte (Albert et al. 2021), avec des conséquences majeures sur la structure et la dynamique des communautés biologiques et finalement sur les services socio-économiques (Moi et al. 2022).
Dans ce contexte, la Directive Européenne Cadre sur l’Eau (DCE) vise à atteindre ou maintenir le bon état écologique des masses d’eau à travers l’évaluation de celui-ci à l’aide notamment d’indices basés sur la composition des communautés biologiques. En lien avec la stratégie nationale pour la biodiversité 2030, un des défis est d’associer à ces mesures une réflexion sur les réservoirs de biodiversité.
Le concept de réservoirs de biodiversité, est une approche clé pour identifier les zones prioritaires en matière de conservation (Myers et al. 2000), qui permettent alors d’alimenter en biodiversité des zones dégradées. Ces réservoirs sont définis comme abritant une biodiversité remarquable à l’échelle régionale (Marchese 2015) et sont sous l’effet des activités humaines (Ramírez et al. 2017). La mesure de se caractère remarquable peut se faire via la mesure de singularité écologique (Legendre & De Cáceres 2013). La notion de réservoirs de biodiversité fait référence aux concepts de diversité bêta et de métacommunautés, puisque les différences entre les communautés, en termes de composition (c.à.d. : la diversité bêta), s’expliquent par des processus comme la sélection environnementale, la dispersion et la stochasticité (Leibold & Chase 2018). Bien que la diversité bêta soit déterminée par ces processus, une question demeure : pourquoi les communautés biologiques de certains sites et certains taxons contribuent-ils davantage à la diversité bêta que d’autres ? Mieux comprendre les mécanismes expliquant la biodiversité et le caractère singulier des communautés de certains sites, ainsi que les taxons les composant est nécessaire à la gestion et la conservation des milieux.
A l’échelle nationale, l’identification de réservoirs de biodiversité pour les lacs n’est pas encore prise en compte. Face aux changements globaux auxquels sont soumis les lacs (Carpenter et al. 2011), il devient nécessaire de développer des outils pour identifier les lacs pouvant être des réservoirs de biodiversité ainsi que les facteurs est processus écologiques les caractérisant. Ce stage propose d’aborder ceci selon un aspect complémentaire à la diversité taxonomique habituellement utilisée pour mesurer la biodiversité, et encore peu exploré dans ce contexte, la diversité fonctionnelle. L’intérêt de cette facette de la biodiversité est qu’au-delà des changements dans la composition taxonomique, l’intégrité des communautés biologiques comporte une composante fonctionnelle (Cadotte et al. 2011) présentant des liens mécanistiques plus clairs avec les services écosystémiques (Gagic et al. 2015).
Ce stage s’articulera autour de 2 objectifs :
1. Caractériser les patrons de biodiversité et de singularité écologique des lacs à l’échelle nationale.
2. Identifier les facteurs environnementaux (isolement géographique, spécificités géologiques, pressions d’origine humaine) expliquant les patrons de biodiversité et de singularité écologique.
Ce stage s’appuiera sur une base de données regroupant 599 échantillons prélevés dans 186 lacs français. Ces lacs sont suivis dans le cadre de la DCE et sont répartis dans les différents bassins des Agences de l’Eau couvrant le territoire. Cette base de données contient des données d’ADNe ciblant le phytoplancton et des données environnementales (ex. : physico-chimie, profondeur, surface, altitude).
Mission du/de la stagiaire :
• Prendre en main la base de données ;
• Caractériser la diversité fonctionnelle des communautés phytoplanctoniques à partir des traits bio-écologiques ;
• Estimation de la singularité écologique des communautés de chaque site ;
• Développer des modèles statistiques reliant la diversité fonctionnelle et la singularité écologique aux facteurs environnementaux.
Références (indicatives) :
Albert, J. S. et al. (2021). Scientists’ warning to humanity on the freshwater biodiversity crisis. Ambio, 50, 85–94. https://link.springer.com/article/10.1007/s13280-020-01318-8
Cadotte et al. (2011). Beyond species: Functional diversity and the maintenance of ecological processes and services. J. App. Ecol., 48, 1079–1087. https://doi.org/10.1111/j.1365-2664.2011.02048.x
Carpenter et al. (2011). State of the world’s freshwater ecosystems: Physical, chemical, and biological changes. Annu. Rev. Environ. Resour., 36, 75–99. https://doi.org/10.1146/annurev-environ-021810-094524
Gagic et al. (2015). Functional identity and diversity of animals predict ecosystem functioning better than species-based indices. Proc. R. Soc. B., 282, 20142620. https://doi.org/10.1098/rspb.2014.2620
Legendre, P. & De Cáceres, M. (2013). Beta diversity as the variance of community data: dissimilarity coefficients and partitioning. Ecol. Lett., 16, 951–963. https://doi.org/10.1111/ele.12141
Marchese, C. (2015). Biodiversity hotspots: a shortcut for a more complicated concept. Glob. Ecol. Conserv., 3, 297–309. https://doi.org/10.1016/j.gecco.2014.12.008
Leibold, M. A & Chase, J. M. (2018). Metacommunity ecology. Princeton University Press, Princeton.
Moi et al. (2022). Human pressure drives biodiversity-multifunctionality relationships in large Neotropical wetlands. Nat. Ecol. Evol., 6, 1279–1289. https://doi.org/10.1038/s41559-022-01827-7
Myers, N. et al. (2000). Biodiversity hotspots for conservation priorities. Nature, 403, 853–858. https://doi.org/10.1038/35002501
Ramírez et al. (2017). Climate impacts on global hot spots of marine biodiversity. Sci. Adv., 3, e1601198. https://doi.org/10.1126/sciadv.1601198
Richardson, K. et al. (2023). Earth beyond the six of nine planetary boundaries. Sci. Adv., 9, eadh2458. https://doi.org/10.1126/sciadv.adh2458
Formations et compétences recherchées
Formation recommandée : Master 2 en écologie, écologie quantitative, ou statistique
Connaissances souhaitées :
• Programmation R ;
• Modélisation statistique.
Aptitudes recherchées :
• Goût pour le travail en équipe, aisance relationnelle ;
• Rigueur et curiosité scientifique, goût pour l’exploration de données ;
• Sens de l’organisation ;
• Connaissance en écologie des communautés et sur les traits fonctionnels.
• A la suite de ce stage, un sujet de thèse sera proposé. Les candidats à ce stage souhaitant poursuivre en thèse seront privilégiés dans la sélection.
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :
• d’un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
• d’activités sportives et culturelles ;
• d’une restauration collective ;
• d’une prise en charge possible de l’abonnement transport en commun (domicile-travail) à raison de 50% et sur justificatifs.
Modalités de prises en charge
• Gratification mensuelle à raison de 4.50€/heure effective ;
• Hébergement gratuit sur place avec toutes les commodités.
Modalités pour postuler
Eléments à fournir : CV + lettre de motivation + note et classement de M1
Modalité d’envoi : E-mail
Contacts des encadrants :
• Benjamin Alric – benjamin.alric@inrae.fr
• Frédéric Rimet – Frederic.rimet@inrae.fr
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