UMS 2006 Patrimoine Naturel
CENTRE DE DONNEES ET D’EXPERTISE POUR LA NATURE
OFB – CNRS – MNHN
36 rue Geoffroy Saint-Hilaire
Maison Buffon – CP 41
75231 PARIS Cedex 05

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Office Français de la Biodiversité
Equipe de coordination du life MarHa
Brest

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Le MNHN recrute un stagiaire Master 2 ou fin d’étude ingénieur :
« Contribution au développement d’une stratégie de suivis des poissons côtiers métropolitains par analyses géomatiques des forçages environnementaux naturels et anthropiques »

PRÉAMBULE
L’UMS 2006 Patrimoine Naturel (UMS PatriNat) est une Unité Mixte de Service co-habilitée par le Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN, tutelle de gestion), l’Office français de la biodiversité (OFB) et le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). L’UMS PatriNat a pour objectif de fournir, en lien fort avec les activités de recherche, une expertise scientifique sur la biodiversité et géodiversité de France métropolitaine et ultra-marine, sur les thématiques terrestres et marines, pour l’environnement passé et actuel. Cette expertise et l’ingénierie associée porte sur la connaissance du patrimoine naturel, dont les systèmes d’informations, et à l’application de ces connaissances pour l’appui aux politiques et programmes de conservation de la biodiversité.
Dans le cadre de ses mandats de co-responsable Thématique (RT) et co-Responsable de Surveillance (RS) des thématiques Poissons et Céphalopodes (co-responsabilités partagées avec Ifremer), la Cellule poissons côtiers et espèces patrimoniales (basée à la Station Marine de Dinard du MNHN) de l’équipe Milieux Marins de l’UMS PatriNat, travaille en collaboration avec Ifremer et de nombreux autres organismes (Recherche, Observation, Expertise et/ou Gestion), au développement méthodologique de programmes de surveillances des poissons côtiers à l’échelle nationale métropolitaine.

CONTEXTE
Dans le cadre de la mise en œuvre de la Directive Cadre Stratégie sur le Milieu Marin (DCSMM), l’état écologique de la composante poissons doit être évalué cycliquement (tous les 6 ans) à l’échelle des 4 sous régions marines métropolitaines, au travers du Descripteur 1 (état des populations) et du Descripteur 4 (état des communautés, et guildes trophiques). Afin de collecter in situ les données nécessaires à ces évaluations, des programmes de surveillance DCSMM poissons-céphalopodes ont été créés pour chacune des 4 sous régions marines métropolitaines. Ces programmes de surveillance sont subdivisés en quatre sous-programmes (SP) définis en fonction du gradient côte/large, des types de milieux et des méthodes nécessaires à la mise en place de leur surveillance.

Libellés des sous-programmes de surveillance des sous-programmes de surveillances poissons (et céphalopodes) Dispositifs de surveillance
SP1 : Poissons et céphalopodes bentho-démersaux sur substrats durs et habitats biogéniques côtiers (e.g. : prés salés, estrans rocheux, roches subtidales, herbiers à phanérogames, maërl, coralligène, structures artificielles telles que ports, énergies marines renouvelables et épaves) En cours de développement
SP2 : Poissons et Céphalopodes bentho-démersaux sur substrats meubles côtiers Existant, à compléter
SP3 : Poissons et Céphalopodes pélagiques en milieux côtiers En cours de développement
SP4 : Poissons et Céphalopodes pélagiques et bentho-démersaux sur le plateau continental et au large Existant, à compléter

Pour les poissons du plateau continental et du large (SP4), la surveillance est opérationnelle principalement grâce aux campagnes halieutiques à long-terme pilotées par l’Ifremer. Dans les milieux côtiers, seule la surveillance des substrats meubles est opérationnelle, grâce aux suivis des juvéniles par chalut à perche dans les eaux côtières dans la continuité des grands estuaires. Pour tous les autres milieux côtiers (substrats durs, biogéniques et pélagiques), la surveillance est en cours de développement méthodologique au sein de sites ateliers et repose sur la combinaison de méthodes conventionnelles et innovantes tels que les comptages visuels en plongée pour les substrats durs, l’acoustique active pour les milieux pélagiques côtiers ou encore l’ADN environnementale pour l’ensemble des milieux (Lonni et al. 2020).
Ainsi la surveillance des poissons dans les milieux côtiers devrait donc idéalement inclure un grand nombre de méthodes dans un grand nombre de milieux, échantillonnés dans un grand nombre de sites en vue de maximiser la représentativité de la surveillance, et garantir l’échantillonnage le long des différents gradients environnementaux naturels et anthropiques. Cependant la réalité des moyens humains et financiers conduit au besoin de prioriser. Nous proposons, dans un premier temps, de mener ce travail de priorisation à partir d’une analyse cartographique fine des différents milieux (et si possible des différentes pressions), pour notamment garantir leur représentativité et définir les stratégies d’échantillonnages à venir.

DESCRIPTION DES MISSIONS

Au sein de l’équipe Milieux Marins, la/le stagiaire sera affecté(e) au sein de la cellule « Poissons Côtiers et espèces patrimoniales, sous la responsabilité du chef d’équipe et en co-encadrement fonctionnel des RT et RS poissons, et le service géomatique MarHA

Le ou la candidat(e) aura pour mission principale de mener une analyse méthodologique à l’échelle nationale à partir des données spatialisées disponibles (e.g. données du life MarHA, OFB, SHOM, SEXTANT, etc…) telles que la nature des habitats, la bathymétrie, la topographie paysagère, les caractéristiques des masses d’eaux (salinité, température, courant, etc…). Cela permettra dans un premier de temps d’identifier et de caractériser la surface des différents milieux côtiers à l’échelle nationale métropolitaine.

A cela, et si les données le permettent, pourront se superposer les données d’activités et de pression s’exerçant sur le milieu. Ce travail devra ainsi permettre de mieux caractériser les sites vis-à-vis de la variabilité naturelle et anthropique et sera accompagné du développement d’une typologie de niches environnementales à partir de l’ensemble des données. Cela devra permettre d’aboutir au calcul de la représentativité de chacune de ces typologies à l’échelle nationale métropolitaine.

Ainsi, la mise en parallèle de ces travaux avec les sites actuellement suivis dans le cadre de la surveillance DCSMM devra permettre d’identifier les typologies actuellement moins représentées et apporter des préconisations sur les typologies à enjeux insuffisamment surveillées.

Partenaires internes UMS PatriNat & OFB (MarHa) : RT et RS Poissons Côtiers et Espèces Patrimoniales, équipe Milieux Marins, équipe Espèces, équipe Donnés, PNDB, équipe Life Marha, service géomatique OFB
Partenaires externes : producteurs de données. Ex : SHOM, Ifremer

CONDITIONS ADMINISTRATIVES REQUISES

Ingénieur ou Master de niveau Bac+5 en géomatique, informatique, écologie,

QUALIFICATIONS REQUISES
• Très bonne maîtrise du logiciel de SIG (Qgis ou ArcGis)
• Maitrise du langage SQL
• Des connaissances en écologie côtière seront appréciées
• Fortes aptitudes à travailler aussi bien en équipe qu’en autonomie, qualités relationnelles
• Rigueur, excellent sens de l’organisation

MODALITÉS DE RECRUTEMENT
Type de contrat : stage
Durée : 5 à 6 mois à temps complet
Gratification : Le montant horaire de la gratification est fixé à 15% du plafond horaire de la sécurité sociale défini en application de l’article L.241-3 du code la sécurité sociale (soit environ 554,40 €/mois sur la base d’un temps plein).
Date de prise de fonction : entre le 1er février et le 1er mai 2022
Lieu : Brest avec déplacements fréquents sur Dinard

PROCÉDURE DE RECRUTEMENT
Le dossier de candidature est à envoyer par mail avant le 15/01/2021 à l’adresse marine.delesalle@mnhn.fr

Ce dossier comprendra :
– un curriculum vitae détaillé et une synthèse de tous les travaux susceptibles d’éclairer le jury ;
– une lettre de motivation.

Un retour à chacune des candidatures sera fait la semaine du 18 janvier 2021. Un entretien oral (possible par visio-conférence) sera éventuellement demandé la semaine du 25 janvier 2021.
Pour toute précision, les candidats sont invités à prendre contact au préalable avec : Marine Delesalle (marine.delesalle@mnhn.fr)
Références
Lonni V., Acou A., Delesalle M., Dervaux A. et Thiriet P. 2020. Synthèse des travaux relatifs à l’élaboration du Programme de Surveillance DCSMM 2ème cycle Poissons-Céphalopodes Côtiers et Espèces Patrimoniales. Rapport UMS PatriNat (OFB – CNRS – MNHN), Dinard. 32p + annexes
Thiriet, P., Acou, A., Artero, C. & Feunteun, E. 2017. Evaluation DCSMM 2018 de l’état écologique des poissons et céphalopodes de France métropolitaine : Rapport scientifique du co-pilotage MNHN D1-PC. UMS PatriNat (AFB-CNRS-MNHN), Muséum National d’Histoire Naturelle, Dinard. 160 p. + annexes : https://www.researchgate.net/publication/322331606_Evaluation_2018_de_l%27etat_ecologique_des_Poissons_et_Cephalopodes_de_France_Metropolitaine_Rapport_scientifique_du_co-pilotage_MNHN_D1-PC_de_la_Directive_Cadre_Strategie_Milieu_Marin
Rey A., Viard F., Corre E., Lizé A., Lévèque L., Le Joncour A., Delesalle M., Robert A., et Thiriet P. (2021). La surveillance de la biodiversité ichtyologique côtière par l’ADN environnemental. Evaluation de l’outil et de sa complémentarité aux comptages visuels en plongée. Rapport final Septembre 2021. Rapport UMS PatriNat, 85 pages + annexes.
David, V., Mouget, A., Legoff, L., Brehmer, P., Perrot, Y., Thiriet, P., Feunteun, E., et Acou, A. 2021. Surveillance DCSMM D1-Poissons et Céphalopodes des milieux pélagiques côtiers. Rapport d’analyse du dispositif ACaPELA. Rapport UMS PatriNat. 67 pp.
Rey A., Gauthier O., Delesalle M., Le Joncour A., Ternon Q. et Thiriet P. 2021. Suivis des poissons dans les milieux côtiers rocheux de la façade Atlantique-Manche-Mer du Nord, par comptages visuels en plongée sous-marine. Développement des protocoles et de la stratégie d’échantillonnage intra-site. Rapport UMS PatriNat, 67 pages + annexes.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: marine.delesalle@mnhn.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.