Organisme recruteur : IRD, 44 boulevard de Dunkerque, CS 90009, 13572 Marseille Cedex 02 ;
http://www.ird.fr
Lieu de travail : UMR MARBEC, Avenue Jean Monnet, CS 30171, 34203 Sète Cedex ;
http://www.umr-marbec.fr/fr/
Date de disponibilité : A pourvoir dès janvier 2022
Branche d’activité professionnelle (BAP) : A – Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement
Famille professionnelle : Biologie et santé, Sciences de la vie et de la terre
Emploi type : A2A41 – Ingénieur.e biologiste en traitement de données
Rémunération : A partir de 2133,57 € (brut mensuel)
Durée : 1 an (renouvelable)
Domaine Fonctionnel : Expertise scientifique
Intitulé : Ingénieur en biologie et données des pêches pour l’Observatoire des Écosystèmes Pélagiques Tropicaux Exploités (Ob7)

Contexte institutionnel
L’Institut de Recherche pour le Développement est un établissement public français à caractère scientifique et technologique (EPST) qui intervient depuis plus de 60 ans dans les pays du Sud. Il est placé sous la double tutelle des ministères chargés de la Recherche et des Affaires étrangères. Ses activités de recherche, d’expertise, de valorisation et de formation ont pour objectif de contribuer au développement économique, social et culturel des pays du Sud. Près de 40% des effectifs de l’Institut sont affectés à l’étranger et en Outremer.
L’unité mixte de recherche MARBEC 5R248 (IRD, Ifremer, Université Montpellier, CNRS) étudie la biodiversité marine, ses usages, et sa conservation. MARBEC inclut un pôle Observatoires au sein duquel prend place l’Observatoire des Écosystèmes Pélagiques Tropicaux Exploités (Ob7).
L’Ob7 (Observatoire des Écosystèmes Pélagiques Tropicaux Exploités) est mandaté par la Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture (DPMA) du Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation pour effectuer le suivi scientifique et statistique de la pêche thonière tropicale française. Outre le suivi réglementaire, l’Ob7 assure un rôle d’appui aux recherches sur les écosystèmes hauturiers tropicaux menées par MARBEC. L’Ob7 est aussi un acteur important au sein des Organisations Régionales de Gestion des Pêches, notamment la CICTA et la CTOI. Les activités de l’Ob7 sont financées par le Fonds européen pour les affaires maritimes et la pêche (FEAMP), la DPMA et l’IRD.
Pour assurer la gestion de ses données, l’Ob7 met en œuvre un système d’information dont les outils informatiques sont partagés avec ses partenaires scientifiques étrangers. Les analyses scientifiques qui sont menés sur les bases des données ainsi collectées portent sur :
• La dynamique des pêcheries de grands pélagiques et leurs impacts sur les ressources ciblées (thons) ou capturées accidentellement (marlins, requins, tortues marines, etc.) ;
• La biodiversité des écosystèmes pélagiques ;
• Le fonctionnement des communautés de grands pélagiques et leurs statuts dans des contextes de surexploitation et de changement climatique.

Missions principales
• Sous la responsabilité de Philippe Sabarros, votre mission consistera d’une part à consolider les données collectées par les observateurs embarqués sur les senneurs français, et d’autre part, à enrichir les codes R qui permettent le contrôle de ces données.

Activités
1. Vérifier, corriger et consolider les données issues des programmes « observateur » de la pêche tropicale à la senne à partir de 2005, à la main et/ou via des scripts de correction sous R/SQL.
2. Développer des scripts sous R/SQL de contrôle des données historiques (depuis 2005) via le croisement avec différentes sources de données (logbooks, VMS).
3. Assurer la gestion du flux des données « observateur » au fur et à mesure de leur réception : réception, contrôles divers sur les rapports des observateurs (identification des espèces, cohérence générale, etc.), insertion dans la base centrale de données à l’aide de logiciel ObServe, et archivage des documents sur l’espace de stockage dédié.
4. Compléter une photothèque de référence des espèces capturées par les senneurs et palangriers tropicaux à partir des archives photographiques des observateurs à des fins d’utilisation pédagogique, pour la mise à jour d’un guide d’identification des espèces, et la reconnaissance automatique des espèces (deep learning). Les photos devront être nommées et classifiées selon un modèle standard.
5. Compléter un guide d’identification des espèces rencontrées dans les pêcheries tropicales pélagiques à usage des observateurs embarqués. Les fiches par espèce seront à réaliser selon le modèle établi sous MS PowerPoint.

Compétences requises
• Compétences en reconnaissance d’espèces pélagiques tropicales
• Compétences en traitement de données et analyses statistiques sous R
• Compétences en bases de données (PostgreSQL)
• Compétences en édition et mise en page (MS PowerPoint)

Aptitudes
• Bonnes capacités organisationnelles
• Grande rigueur
• Bonne aptitude au travail en équipe
• Anglais : expression et compréhension écrite et orale

Formation et expérience
• Requis : Master 2 ou école d’ingénieur (agronomie, environnement, biologie marine, etc.)
• Souhaité : Formation “observateur” et embarquement(s) en tant qu’observateur.trice des pêches (senne ou palangre)

Contacts
• philippe.sabarros@ird.fr
• julien.lebranchu@ird.fr

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: philippe.sabarros@ird.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.