Contexte du stage :

Dans le contexte actuel d’érosion de la biodiversité, la préservation et la restauration des poissons migrateurs amphihalins représentent un défi particulier en raison des déplacements que les individus doivent réaliser au cours de leur cycle de vie entre l’eau douce et la mer. Au cours de ce cycle, un passage par le milieu estuarien est donc obligatoire. Ce milieu est à l’interface des influences marines et fluviales et les habitats qui s’y trouvent sont caractérisés par des fluctuations environnementales importantes. L’estuaire de la Gironde, le plus vaste d’Europe, est soumis à de grandes marées. Il accueille des espèces typiquement estuariennes, la plupart des migrateurs amphihalins d’Europe de l’ouest et des juvéniles de nombreuses espèces marines. L’esturgeon européen (Acipenser sturio), un migrateur anadrome, utilise l’estuaire comme un corridor et un habitat de croissance. Le système Gironde-Garonne-Dordogne abritait une population importante. Le déclin de cette population a commencé aux alentours de 1850 et la dernière reproduction naturelle connue remonte à 1994. Ainsi, pour faire face à la raréfaction de l’espèce, un programme de conservation en captivité avec la réalisation de reproduction assistée à visée de repeuplement a été mis en place pour soutenir la population. Entre 2007 et 2015, plus de 1,7 millions de juvéniles nés en captivités ont été réintroduits à différents stades ontogéniques dans le système Gironde-Garonne-Dordogne. Comprendre l’utilisation de l’habitat estuarien mais aussi les jeux d’interactions mis en place au niveau interspécifiques est essentiel pour la préservation de cette espèce. En effet, la sélection d’habitat dépend des préférences environnementales de l’espèces, des ressources disponibles mais aussi potentiellement de ces interactions biotiques.

Objectifs et missions :

Ce stage s’intègre dans le cadre d’une thèse qui vise à étudier 1) l’utilisation de l’habitat estuarien par l’esturgeon européen, 2) l’identification des interactions intra et interspécifiques dans l’estuaire de la Gironde, et 3) le potentiel de recolonisation à l’échelle européenne. L’étudiant.e participera à la réalisation de la deuxième question. Il/elle identifiera les potentielles interactions entre la fraction estuarienne de la population d’esturgeon européen et les autres espèces de poissons. Les différentes espèces peuvent cohabiter ou être en compétition pour la ressource spatiale et/ou trophique. Une première étape visera à sélectionner des espèces d’intérêt grâce à la bibliographie pour poser les hypothèses de travail.
Deux approches seront utilisées au cours de ce stage :
Une première approche consistera en une analyse exploratoire à l’aide d’analyses multivariées et/ou l’utilisation de différents indices, par exemple les indices de cooccurrence (indice de Jaccard, C-Score…).
Une seconde approche consistera à identifier les préférences environnementales des espèces étudiées en s’appropriant un modèle utilisé pour l’esturgeon européen. Une représentation spatiale des résultats sera éventuellement envisagée.
Pour ce faire, l’étudiant.e bénéficiera de données d’échantillonnage au chalut de fond dans l’estuaire de la Gironde (campagne Sturat 2010-2018) dans laquelle sont répertoriées les espèces capturées. Les paramètres environnementaux (salinité, température, taux d’oxygène, turbidité) sont mesurés durant ces campagnes et un modèles hydrodynamique (Mars3D) est également disponible pour cette période sur l’estuaire de la Gironde.

Ainsi, l’étudiant.e sera en charge de :
• Mener des recherches bibliographiques pour (i) identifier les préférences écologiques des espèces rencontrées et (ii) prendre connaissance des différents indices écologiques pouvant être utilisés pour caractériser le partage de niche et les interactions potentielles ;
• Mener une analyse exploratoire partir des méthodes identifiées dans la bibliographie ;
• Appliquer un script pour modéliser les préférences d’habitat pour une sélection d’espèces ;
• Proposer une analyse critique des résultats obtenus ;
• Réaliser une représentation spatiale des résultats.

Profil, dont niveau d’études, et compétences recherchées:

Profil recherché : Étudiant.e en Master 2 recherche ou en fin d’études de formation d’ingénieur.e avec volonté de s’orienter vers le domaine de la recherche scientifique.

Connaissances/compétences recherchées : Connaissance en écologie des populations. Facilité en programmation informatique en langage R et bonne maitrise de l’anglais. Des compétences en SIG seront appréciées.

Aptitudes souhaitées : Autonomie, adaptabilité, rigueur, curiosité, facilité à travailler en équipe.

Lieu du stage :

L’étudiant.e sera accueilli.e au sein de l’équipe « Fonctionnement et Restauration des Écosystèmes Estuariens et des populations de Migrateurs Amphihalins (FREEMA) » de l’unité « Écosystèmes Aquatiques et Changements Globaux » (EABX) à Cestas-Gazinet (33) (https://www6.bordeaux-aquitaine.inrae.fr/eabx/EABX). Cette équipe mène des projets de recherche visant à apporter des connaissances, construire de nouvelles méthodes et améliorer les outils pour définir et comprendre le statut et la dynamique des écosystèmes aquatiques continentaux (i.e. estuaires, lacs, rivières) en évaluant la réponse de ces écosystèmes et de leurs espèces clefs (principalement les espèces de poissons migratrices amphihalines et marines-estuariennes opportunistes) face à un contexte multi-stress d’origine anthropique (e.g. surexploitation, dégradation des habitats, fragmentation des milieux naturels, pollution chimique, changement climatique).
L’étudiant.e sera encadré.e par Marie Lamour (EABX – FREEMA) sous la supervision de Marie-Laure Acolas (EABX – FREEMA) et Céline Le Pichon (INRAE Antony – UR HYCAR) et en collaboration avec Aurélien Jamoneau (EABX – ECOVEA)

Période et durée:
Stage de 6 mois à compter de janvier ou février 2022

Modalités de prise en charge :
Gratification mensuelle à raison de 3,90 € par heure de stage effectuée et par jour de présence (soit ≈ 568.75€ net/mois pour un stage du 3 janvier au 30 juin 2022)
Poste de travail fourni
Frais de missions
Prise en charge possible de l’abonnement transport (domicile-travail) à raison de 50% et sur justificatifs
Restauration collective disponible à un tarif « stagiaire »

Pour postuler :
Eléments à fournir : CV et lettre de motivation
Modalités d’envoi : E-mail avec pour objet « Candidature_stageM2_interactions »
Date limite : 15 novembre 2022

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: marie.lamour@inrae.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.