Évaluation surfacique et volumique des habitats récifaux à Sabellaria alveolata (Hermelles) dans le parc naturel marin Estuaire de la Gironde et Mer des Pertuis.

Champs disciplinaires : traitement du signal et analyse d’images ● machine/deep learning ● photogrammétrie ● acquisitions drones

Lieu : IFREMER Centre de Bretagne – Brest, France
Laboratoire : DYNECO Laboratoire d’Ecologie Benthique Cotière (LEBCO)
Porteur(s) du projet : Dr. Stanislas Dubois
Type de contrat : CDD ingénieur ou postdoctorat 18 mois (temps plein)
Employeur: Ifremer, Centre de Bretagne
Fin des candidatures : 15 Avril 2022
Début du contrat : Juillet 2022 (mais date flexible)

Cadre scientifique du projet – Les polychètes de la famille des Sabellariidae sont des espèces tubicoles et grégaires, qui construisent des formations biogéniques dans les écosystèmes côtiers tempérés. Ces bioconstructions sont connues pour fournir un nombre important de rôles écologiques et de services écosystémiques, comme par exemple la protection du trait de côte, ou la fourniture d’habitats pour de nombreuses espèces. En Europe, Sabellaria alveolata est une espèce commune intertidale distribuée des côtes marocaines à l’Ecosse et il apparait aujourd’hui impératif de mieux comprendre la formation et l’évolution de ces habitats biogéniques pour les protéger et les gérer de façon efficace. En particulier, les récifs à Sabellaria sont listés comme des habitats clés au regard de l’Annexe 1 de la Directive Européenne Habitat. Suivre ces récifs à l’échelle européenne est un challenge critique qu’il est nécessaire de mener pour proposer un suivi pertinent et des indicateurs du bon état de santé des bioconstructions à S. alveolata.
A la suite du projet européen REEHAB (www.hermelles.fr), le projet SISTER (Surface Imaging Solution for TEmperate Reefs) a pour objectif l’évaluation surfacique de l’habitat récifal à Sabellaria alveolata sur les côtes européennes, avec comme démonstrateur l’estran du parc marin de l’Estuaire de la Gironde et de la Mer des Pertuis. Ce parc – le plus grand de métropole – abrite la plus grande surface de cet habitat remarquable ou les formations récifales présentent une grande diversité de morphologies.

Objectifs spécifiques de ce projet postdoctoral.
Nous sommes à la recherche d’un ingénieur ou d’un chercheur postdoctorant motivé et dynamique pour travailler au sein de l’équipe de ce projet. Les missions principales seront :
1 – l’élaboration d’une méthode d’évaluation surfacique et volumique des habitats à Sabellaria alveolata (hermelles) à l’aide d’acquisitions multispectrales réalisées par drones aéroportés ;
2 – l’implémentation de la chaine de traitement et l’élaboration d’un guide méthodologique standardisé comprenant i – l’approche terrain à déployer pour acquérir les images (visible et proche infrarouge) et ii – la chaine de traitement automatisée à utiliser pour obtenir l’évaluation surfacique et volumique de l’habitat, avec des méthodes de classification et de photogrammétrie ;
3 – la participation à la création d’un outil pédagogique de vulgarisation basé sur la réalité virtuelle.

Taches spécifiques
– Organiser, mettre en place, et participer à la réalisation de campagnes d’acquisition de données in situ (survols drones et acquisitions de terrain) ;
– Exploiter des outils de photogrammétrie existant : logiciels et scripts ;
– Reconstruction des récifs d’hermelles en 3 dimensions ;
– Développer des méthodes de classification et de segmentation ;
– Développer des indicateurs de paysage sur l’état de santé des récifs d’hermelles et de leur évolution spatiale et temporelle ;
– Rédiger un guide méthodologique et (au minimum) un article scientifique dans une revue de rang A.
Compétences
– Bonnes connaissances en traitement du signal et analyse d’images ;
– Méthodes de classifications et de segmentation du type RF, SVM, CNN, UNET, et machine learning en général ;
– Expérience en programmation Python exigée ;
– Maîtrise des logiciels de photogrammétrie (Metashape et Pix4D) et scripts utilisant une approche du type SFM ou équivalente ;
– Compétences en utilisation de logiciels SIG tel que ArcGIS ou QGIS ;
– Utilisation d’un supercalculateur et parallélisation (compétence souhaitée) ;
– Capacités rédactionnelles et bon niveau d’anglais (oral mais surtout écrit) ;
– Connaissance de l’environnement marin souhaité et motivation pour l’écologie marine
– Dynamisme et autonomie ;
– Intérêt pour le travail en équipe, grande ouverture d’esprit pour dialoguer avec les thématiciens des disciplines autres que la sienne.

Équipe d’accueil
L’équipe LEBCO (ca. 15 chercheurs et ingénieurs, 5 techniciens) travaille à la compréhension des patrons spatiaux de biodiversité des habitats benthiques côtiers. Avec des approches pluridisciplinaires, l’équipe cherche à comprendre les processus naturels et anthropiques qui structurent les peuplements et les communautés. Parmi les approches spatiales, l’utilisation de l’imagerie (satellite ou aéroportée) constitue un axe central dans les projets d’écologie spatiale de l’équipe.
Au sein de l’équipe, la personne recrutée travaillera en étroite collaboration avec Touria Bajjouk et Pierre-Olivier Liabot, spécialistes de l’imagerie et des traitements multi- et hyper-spectraux.

Champs relationnel
L’EPHE (École Pratique des Hautes Études) de Dinard (Antoine Collin et Dorothée James) est le principal partenaire scientifique du projet SISTER. Un lien étroit sera à poursuivre avec cette équipe. Le CERV (Centre Européen de Réalité Virtuelle) de Plouzané sera également le contact privilégié pour la production de données en 3 dimensions adaptées à la représentation en réalité virtuelle.
Enfin, le LEBCO s’appuie également sur des collaborations externes avec les principaux laboratoires spécialistes du traitement de signal bretons (UBO/LGO, ENSSAT Lannion, CEVA, Télécom Bretagne, …) mais également, au plan national (ONERA, IGN, GIPSA-Lab, EPOC, Univ. Toulon, Univ. Nantes) et européen.

Comment candidater?
Merci d’envoyer les documents suivant à : Stanislas Dubois (Stanislas.Dubois@ifremer.fr)
(1) Un CV et une lettre de candidature montrant vos intérêts pour le sujet et comment il s’insère dans votre carrière scientifique;
(2) Une liste synthétique et résumée de vos principaux travaux en lien (plus ou moins étroit) avec le sujet (2 pages max.) : publications scientifiques et/ou rapports
(3) Une/Des lettres de recommandation ou à défaut des contacts référents;

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: sdubois@ifremer.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.