Contexte

Les lagunes méditerranéennes sont des milieux particulièrement productifs qui sont utilisés comme habitat de nurserie et de croissance par de nombreuses espèces de poissons côtiers. Cette productivité élevée des lagunes permet de soutenir des prélèvements par la pêche de plusieurs dizaines voire centaines de kilogrammes de poissons par hectare et par an, ainsi qu’une production annuelle de quelques millions de tonnes de poissons en aquaculture. Malgré l’importance des lagunes méditerranéennes, la connaissance concernant l’utilisation de ces habitats par les poissons reste parcellaire. En particulier la phénologie des migrations de poissons entre les lagunes et la mer, à différentes échelles temporelles est peu décrite.
Depuis une vingtaine d’années, le développement des caméras acoustiques a permis la mise en place de suivis continus (les caméras acoustiques peuvent filmer la nuit et en condition de forte turbidité) et non invasifs des déplacements de poissons. Malgré les progrès technologiques récents, l’interprétation des vidéos issues des caméras acoustiques requiert une expertise élevée et est très chronophage. En particulier, l’identification des espèces est généralement limitée aux espèces ayant une forme et/ou un comportement de nage particulier (par exemple les anguilles). Malgré cette limite, l’analyse des vidéos de caméras acoustiques peut apporter des données inédites sur les flux de poissons transitant entre les lagunes et la mer ainsi que sur leurs comportements. Qui plus est, la connaissance des structures de tailles des espèces présentes au niveau des sites d’études permet de relier les observations réalisées à partir des vidéos de caméras acoustiques à des espèces ou groupes d’espèces.
Depuis octobre 2018, une caméra acoustique (ARIS 1800, Sound Metrics) a été installée dans le grau reliant la lagune de Bages-Sigean à la mer méditerranée au niveau de Port la Nouvelle dans le cadre du projet FLUX (suivi des migrations d’anguilles). Cette caméra a, en particulier, permis d’obtenir des données en continu concernant les déplacements de poissons entre octobre 2018 et mai 2020. L’objectif du stage proposé sera donc principalement d’analyser un sous-échantillon de ces vidéos afin de dénombrer les poissons, d’identifier leur sens de déplacement dans le grau et leurs comportements et de déterminer les structures de tailles pour les différentes espèces identifiées. Afin de mieux cibler les espèces prises en compte dans ces analyses, les données issues de la caméra pourront être mises en relation avec les données de captures des pêcheurs professionnels et amateurs dans des milieux semblables et géographiquement proches, disponibles au CEFREM. Enfin, les déplacements des groupes de poissons observés pourront être mis en relation avec différents facteurs environnementaux (courant, vent, température, salinité…) mesurés dans le projet FLUX.

Programme du stage (6 mois)

Le stage se déroulera en trois voire quatre étapes :
1- Prise en main du logiciel de traitement et d’analyse des vidéos et choix des paramètres à renseigner (différentes tailles, comportement des poissons, sens de déplacement…) en lien avec la bibliographie et les données de captures existantes (< 1 mois).
2- Définition d’un sous échantillons de vidéos à analyser et analyse des vidéos (3 à 4 mois).
3- Comparaison des résultats obtenus à partir de l’analyse des vidéos avec ceux issus des captures des pêcheurs (<1 mois).
4- En fonction des résultats précédents, analyse de l’effet des facteurs environnementaux sur les dynamiques de déplacements des groupes de poissons (1 mois).

Profil recherché

Etudiant-e de M2 spécialisé-e en biologie écologie aquatique. Compétences indispensables en traitement de données en particulier à l’aide du logiciel R. Des expériences dans l’analyse de vidéos et des connaissances sur les espèces de poissons côtières et des lagunes seraient un plus.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: raphael.lagarde@univ-perp.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.