Les activités humaines impactent la biodiversité, ce qui peut altérer en retour les services
écosystémiques (Loreau 2000, Cardinale et al. 2012). Cette modification peut être induite par
des changements d’une ou de multiples composantes de l’habitat, qu’elles soient biotiques
(p.ex. introduction d’espèces invasives), ou abiotiques (p.ex. fragmentation de l’habitat,
pollution, Brook et al. 2008). Cela peut générer des interactions complexes antagonistes ou
synergétiques entre ces différents changements environnementaux (p.ex. Zavaleta et al. 2003,
Forister et al. 2010). Cependant, il demeure très difficile de prédire le sens et l’impact de ces
interactions car nous manquons drastiquement de données intégratives, alliant détermination de patrons in natura, isolement des facteurs causaux des changements de biodiversité et
détermination des mécanismes sous-jacents (p.ex. Woodward et al. 2010).
Les écosystèmes d’eau douce sont particulièrement sensibles à l’accumulation de stress
environnementaux d’origine anthropique (Dudgeon et al. 2008, Bo-Qiang et al. 2012, Gökçe
2019). Ils sont localement exposés à une multitude de perturbations, pollution (hydrocarbures,
salinisation, …), perte de connectivité (barrages, assèchement, …) ou introduction d’espèces,
qui interagissent avec des changements globaux tel le réchauffement climatique (Dudgeon et
al. 2006). Les lacs d’altitude servent de réservoirs d’eau potable pour l’Homme et le bétail,
d’habitat pour des espèces (semi)-aquatiques d’altitude, ou encore de sites touristiques
familiaux et sportifs. Ils constituent donc une ressource biologique et patrimoniale
d’importance dont l’équilibre est menacé par les changements globaux.

Le projet Région Recherche et Société PAPEL vise à étudier les dynamiques des
communautés de microorganismes eucaryotes de lacs pyrénéens au travers d’un couplage entre description des patrons de biodiversité in natura par ADN environnemental et expériences en microcosmes. Au travers de ce focus sur les communautés de protistes, des microorganismes clés dans la dynamique et le fonctionnement des écosystèmes aquatiques qui restent relativement peu étudiés (Pernthaler 2005, Ger et al. 2014, Debroas et al. 2017), ce projet vise à mesurer l’impact des changements environnementaux induits par les sociétés humaines sur ces écosystèmes sensibles.

L’objectif de ce stage consiste en premier lieu à analyser des données d’ADN
environnemental collectées sur un ensemble de 60 lacs des Pyrénées, qui fournissent un
inventaire détaillé de l’état de leur biodiversité en protistes. Les données de séquençage sont
déjà disponibles pour deux années consécutives d’échantillonnage, et des données sur les
communautés bactériennes (déjà séquencées également) pourront être ajoutées au stage en
fonction de l’avancée des travaux. A partir de ces données, nous viserons à décrypter l’influence
de facteurs environnementaux sur ces communautés, ainsi que leur lien avec l’état trophique
des lacs. Pour cela, nous nous appuierons à la fois sur des quantifications des facteurs
anthropiques acquises dans le cadre de l’Observatoire Pyrénéen des Lacs d’Altitude (en
particulier niveau de pastoralisme, pêche, fréquentation touristique, distance aux routes,
géologie, climat …) et sur des analyses chimiques effectuées permettant la quantification du
degré d’eutrophisation (nutriments dissous, turbidité et concentration en chlorophylle).

L’étudiant devra avoir des bases solides en écologie (des communautés serait un plus)
et en génomique environnementale. Une bonne compréhension des mécanismes évolutifs sera
appréciée. Le stage requiert également de bonnes compétences en biostatistiques sous R. CV et lettre de motivation sont à envoyer à Staffan Jacob (jacobstaffan@gmail.com), Lucie Zinger
(lucie@zinger.fr), Léonard Dupont (leonard.dupont@ens.fr) et Delphine Legrand
(delphine.legrand@sete.cnrs.fr).

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: leonard.dupont@normalesup.org

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.