L’urbanisation conduit à la perte et à la fragmentation de l’habitat naturel, elle est associée à différentes sources de pollution et modifie les interactions biotiques. Ceci représente de nouvelles contraintes pour les espèces qui y vivent en altérant leur environnement biotique et abiotique imposant ainsi de nouvelles pressions de sélection.
L’un des enjeux les plus importants de l’écologie urbaine est de comprendre si et comment les zones urbaines peuvent impacter l’assemblage des communautés, la dynamique des populations et la santé des organismes qui y vivent. La question de savoir si les contrastes morphologiques, physiologiques et cognitifs entre les individus urbains et forestiers sont déterminés par la plasticité phénotypique ou les réponses évolutives est un nouveau défi pour la recherche.
Le but de ce projet est de déterminer les effets de l’environnement urbain sur le microbiote intestinal de la Mésange charbonnière (Parus major) à une échelle multi-populationnelle. Ce projet va intégrer des approches en écologie aviaire ainsi qu’en biologie moléculaire et écologie microbienne, il présente une opportunité unique de travailler au sein d’un réseau collaboratif émergeant en France, qui permettra d’obtenir des échantillons sur plusieurs sites d’études afin de comparer l’effet des habitats et de l’urbanisation sur les microbiote des mésanges en comparant des habitats plus ou moins urbanisés. Le microbiote intestinal, la communauté de microorganismes se trouvant dans l’intestin, est façonné à la fois par l’environnement de l’hôte, les traits phénotypiques de l’hôte et le régime alimentaire de l’hôte. Puisque ces 3 paramètres varient selon le degré d’urbanisation, on s’attend donc fortement à ce que le microbiote intestinal varie selon ce facteur, avec des conséquences possibles pour la fitness de leur hôte. Nous allons mettre en place une série d’échantillonnages dans les 5 paires de sites urbains/forestiers inclus dans cette étude.
Notre objectif est d’étudier les facteurs biotiques et abiotiques qui façonnent les microbiotes des hôtes. Les résultats de notre projet collaboratif fourniront aux parties prenantes locales et régionales impliquées dans la gestion de l’espace public des connaissances utiles pour dessiner des plans d’urbanisme et de développement qui incluent les questions de biodiversité et de santé des écosystèmes.

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