Mots clés : Urbanisation, Microbiote, Metagénomique, Écologie urbaine, Régime alimentaire , Mésange charbonnière

Profil et compétences recherchées :
Nous recherchons un(e) étudiant(e) motivé(e) par les recherches en écologie urbaine ainsi qu’en écologie des communautés microbiennes. Il/elle devra être capable d’une part de participer au travail de terrain ornithologique pour faire des suivis de populations et des échantillonnages et d’autre part d’effectuer du travail de laboratoire (biologie moléculaire). De bonnes compétences en statistiques et dans l’utilisation de R sont incontournables. Une expérience en bioinformatique et en analyses multivariées serait un plus. Nous recherchons quelqu’un ayant une bonne maitrise de l’anglais oral et écrit et une capacité pour travailler en équipe.

Résumé du projet de thèse :
L’urbanisation et l’artificialisation des sols sont une des causes majeures de la perte de biodiversité actuelle. Les importants changements environnementaux associés à cette urbanisation ont donné lieu à l’apparition de phénotypes spécifiques aux milieux urbains, que ce soit en termes morphologiques, physiologiques ou comportementaux. Il est donc important d’identifier les processus qui permettent aux organismes de survivre et se reproduire dans ces milieux altérés. Ces dernières décennies ont révélé l’importance du microbiote intestinal pour la fitness des animaux et en particulier son rôle potentiel dans la plasticité phénotypique face aux changements, mais a été relativement peu étudié dans le contexte de l’urbanisation. L’objectif de ce projet de thèse est donc d’examiner les effets de l’urbanisation sur le microbiote intestinal d’un passereau modèle, la mésange charbonnière, en examinant notamment l’influence des variations du régime alimentaire le long de gradients d’urbanisation. L’influence de différentes perturbations anthropiques de l’environnement (pollutions de l’air, lumineuse et sonore) sur le microbiote intestinal sera également examinée notamment par des approches expérimentales. La réponse du microbiote à ces changements environnementaux et d’alimentation sera notamment examinée d’un point de vue fonctionnel, puisque des altérations fonctionnelles sont susceptibles d’avoir d’importantes conséquences sur les traits phénotypiques et la fitness des oiseaux urbains.

Objectif et conditions de travail :
L’objectif de cette thèse est d’examiner l’impact de l’urbanisation sur le microbiote d’un organisme modèle, la mésange charbonnière, en combinant des approches comparatives et expérimentales et en utilisant des outils moléculaires de pointe.
La thèse sera coencadrée par Philipp Heeb et Joël White du laboratoire EDB de l’Université de Toulouse. Le travail sera partagé entre collecte de données en milieu naturel (suivi de population au printemps) et analyses moléculaire et statistique de données déjà disponibles (automne-hiver).

Références bibliographiques :
Hensley et al. (2019) Effects of Urbanization on Native Bird Species in Three Southwestern US Cities. Front. Ecol. Evol., 22 March 2019 , https://doi.org/10.3389/fevo.2019.00071
Jacob et al. (2018)* Chemical regulation of body feather microbiota in a wild bird. Molecular Ecology, 27: 1727-1738. Doi: 10.1111/mec.14551.
Jacob et al. (2015)* Microbiome affects egg carotenoid investment, nestling development and adult oxidative costs of reproduction in great tits. Functional Ecology 29: 1048-1058.
Pasquaretta et al. (2018) Exploring interactions between the gut microbiota and social behavior through nutrition. Genes, 9, 534; Doi: 10.3390/genes9110534.
Teyssier et al. (2018)* Inside the guts of the city: Urban-induced alterations of the gut microbiota in a wild passerine. Science of the Total Environment 612 (2018) 1276–1286
Teyssier, et al. (2018)*. Dynamics of gut microbiota diversity during the early development of an avian host: evidence from a cross-foster experiment. Frontiers in Microbiology 9,1524
Teyssier et al (2020)* Diet contributes to urban-induced alterations in gut microbiota: experimental evidence from a wild passerine Proceedings of the Royal Society B 287:2019.2182
*Publications impliquant les encadrants de la thèse

Candidatures (CV + lettre de motivation) à envoyer à philipp.heeb@univ-tlse3.fr et joel.white@univ-tlse3.fr avant le 8 juin 2022. Cette offre fera l’objet d’un concours à l’école doctorale SEVAB pour obtenir un financement.

Plus d’informations disponibles sur le site de l’école doctorale : https://ed-sevab.univ-toulouse.fr/as/ed/voirproposition.pl?langue=&site=edsevab&matricule_prop=42245

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: philipp.heeb@univ-tlse3.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.