Contexte :
Le plan Climat, issu de la COP 21 tenue à Paris en 2015, vise à atteindre la neutralité carbone à l’horizon 2050. Pour atteindre cet objectif, l’initiative « 4 pour 1000 » propose d’atteindre un taux de croissance annuel du stock de carbone dans les sols de 0,4% par an, afin de contrebalancer les émissions de CO2 liées aux activités humaines. Les sols agricoles sont ceux qui présentent le potentiel le plus important, puisque les modifications des pratiques agricoles pourraient permettre de stocker du carbone dans le sol. Parmi ces pratiques, le choix de la culture pourrait être un levier d’action, en particulier le choix de certaines variétés de blés plutôt que d’autres. En effet, les variétés modernes ont des tiges plus courtes que les variétés anciennes du fait de l’introduction d’un gène de nanisme. Les racines de ces variétés anciennes seraient quant à elles plus longues que celles des modernes, ce qui pourrait accroître l’entrée de carbone dans le sol. Au-delà de cette question sur le carbone, il est intéressant de connaître l’effet de la sélection variétale sur les interactions plantes-microorganismes, étant donnée la nécessité de trouver des alternatives aux intrants de synthèse en agriculture, alternatives qui peuvent consister à utiliser les microorganismes, en particulier de la rhizosphère.

Objectifs :
Des résultats acquis récemment dans le cadre d’une thèse montrent que, contrairement à ce qui pouvait être attendu, le système des variétés anciennes n’est pas plus développé que celui des modernes, et que le carbone racinaire des anciennes est plus minéralisé que celui des modernes. Cela peut être dû soit à une composition des tissus racinaires plus facile à dégrader chez les anciennes, ou à l’activation d’une communauté microbienne aux capacités de dégradation accrues chez les variétés anciennes.
L’hypothèse testée considère que les communautés microbiennes de la rhizosphère des variétés anciennes sont plus diversifiées taxonomiquement et présentent une capacité à dégrader une diversité de substrats plus importante que celles des variétés modernes, ce qui expliquerait les émissions de CO2 plus importantes en présence de carbone racinaire issu des variétés anciennes. Le stage visera à étudier la structure des communautés microbiennes par séquençage haut débit ainsi que la capacité de dégradation d’un grand nombre de substrats, via des plaques Ecoplates de Biolog afin de caractériser la structure et les fonctions des communautés microbiennes rhizosphériques.

Nous recherchons un étudiant qui aime l’écologie, les interactions plantes-microorganismes, les statistiques et désireux d’avoir une expérience en bioinformatique.
Lieu du stage : UMR Agroécologie, INRAE de Dijon, 17 rue Sully
Indemnités : Le montant légal pour indemnités de stage, soit environ 3500 euros

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: manuel.blouin@agrosupdijon.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.