Direction :
– Pr. Pascal Laffaille. Laboratoire d’Ecologie Fonctionnelle et Environnement. INP Toulouse.

Contexte scientifique et objet de la thèse :
Les poissons amphihalins sont des espèces qui vivent alternativement en eau douce et en mer, et sont confrontées, de par leur cycle de vie complexe, à de nombreuses pressions (par ex. fragmentation des habitats due à la présence d’ouvrages hydrauliques, pollution, pêche, prédation, changement climatique). La France métropolitaine compte 11 espèces amphihalines sur son territoire, dont la grande alose (Alosa alosa) et l’alose feinte (A. fallax). L’Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN) a classé en 2019 pour le territoire métropolitain ces deux espèces respectivement « en danger critique d’extinction » et « quasi menacé ».

Dans un travail de doctorat récent (Legrand, 2021), les effectifs d’aloses (regroupement des deux espèces A. alosa et A. fallax) comptabilisés en montaison aux stations de comptage de France durant les 30 dernières années ont été analysés. Les résultats mettent en évidence l’importance en terme d’effectifs de deux grands bassins français : le bassin Garonne-Dordogne et le bassin de la Loire. Or, ce doctorat a aussi mis en lumière que les populations d’aloses de ces deux bassins se sont effondrées durant les 30 dernières années. En effet, à l’échelle française, les effectifs aujourd’hui comptabilisés représentent moins de 4% des effectifs observés au début des années 90.

Dans ce contexte de déclin généralisé des aloses en France, les suivis se multiplient dans le bassin de la Loire pour essayer de mieux comprendre la dynamique de population de ces espèces. Globalement 4 types de suivis sont mis en œuvre :
● Le comptage de la montaison des individus lors de leur passage aux stations de vidéo-comptage ou aux passes-piège : ces données ont été bancarisées dans le cadre de la thèse de Legrand 2021 et continuent à être mise à jour dans la nouvelle thèse de El Madouri qui vient de démarrer.
● L’inventaire et la localisation des zones potentielles de frayères : dans le bassin de la Loire près de 1500 km ont été parcourus et les zones potentielles de frayères ont été recensées et digitalisées sous SIG ces dernières années.
● Le suivi de la reproduction : les données de suivis des bulls (Cassou-Leins, 1985) sont en train d’être rassemblées et bancarisées.
● Le suivi des captures des pêcheries professionnelles et amateurs : un système de déclaration (SNPE) mis en place par l’OFB existe depuis 1994 mais est extrêmement contesté par les pêcheurs professionnels. Il semble évident que les données déclarées dans ce référentiel national sont sous-déclarées dans le bassin de la Loire. En 2022, un nouveau système remplacera le SNPE qui devrait être plus fiable.

Il est à noter que dans le bassin de la Garonne une frayère historique d’alose (au niveau de Lamagistère) est suivie depuis 1993 pour le suivi de la reproduction. Depuis 2017, deux sites en aval de la frayère de référence font également l’objet d’échantillonnage pour capture des juvéniles. Ces suivis pourraient venir compléter les données collectées dans le bassin de la Loire.

Ces jeux de données existants n’ont à ce jour été que très peu mobilisés et exploités. Or de plus en plus de questions émergent concernant la gestion de ces espèces, notamment au regard de l’exploitation par les pêcheries qui continue de prélever des individus sur ces populations. En effet, en l’absence de la définition d’une relation de stock-recrutement dans le bassin de la Loire, il est extrêmement difficile de mettre en place des mesures d’encadrement de la pêcherie. De façon générale, ces relations de stock-recrutement sont assez peu étudiées chez les aloses, en particulier compte-tenu de la difficulté de suivre la phase juvénile de cette espèce. Néanmoins, quelques auteurs ont tenté l’exercice en se basant sur les modèles de stock-recrutement définis pour les salmonidés, en particulier les modèles de Ricker (Aprahamian et al., 2010; Bailey and Zydlewski, 2013; Tommasi et al., 2015; Miranda et al., 2020) et de Beverton & Holt (Barber et al., 2018; Billard, 2020; Poulet et al., 2021).

Le travail proposé dans le cadre de cette thèse consiste à poursuivre l’effort de développement d’un modèle stock-recrutement pour les populations françaises de ces deux espèces d’aloses qui permettent d’éclairer les choix de gestion, notamment l’éventuelle mise en place de mesures de gestion de la pêche. L’établissement de ce modèle nécessite d’être en mesure d’estimer le nombre de géniteurs ayant contribué à la reproduction et la production effective de juvéniles. Les comptages de bulls constituent la base de l’estimation du nombre de géniteurs. Ils sont cependant généralement partiels. Il s’agira donc, dans un premier temps de modéliser la dynamique de reproduction des aloses à l’échelle des nuits à partir des données de suivi de la reproduction collectées par LOGRAMI dans le bassin de la Loire. Ce modèle pourra ensuite être comparé à celui de Cassou-Leins développé sur la Garonne (Cassou-Leins, 1985). Le premier objectif sera de pouvoir estimer les bulls « manqués » durant les nuits où les suivis de reproduction ne sont pas exhaustifs.
A partir de ce modèle de dynamique de reproduction, un travail sera ensuite mené pour modéliser le nombre de géniteurs ayant contribué à la reproduction sur les différentes frayères suivies sur ces deux bassins versants. Chaque frayère possède des caractéristiques hydro-morphologique différentes, faisant que les succès de reproduction sont différents. Nous testerons ainsi l’influence du réchauffement climatique mais aussi de la modification de l’hydrologie sur la répartition des géniteurs sur les différentes frayères au cours de la saison de reproduction mais aussi entre les différentes années de suivis.
En parallèle de ces analyses statistiques sur les bases de données existantes, un protocole d’échantillonnage des alosons sera développé et mis en œuvre pendant la durée de la thèse sur 2 sites du bassin de la Loire : la frayère de Châtellerault sur la Vienne et la frayère d’Avril-sur-Loire. Ces suivis permettront de mettre en relation le comptage des bulls réalisé chaque année par LOGRAMI et l’indice d’abondance des alosons par échantillonnage. A l’aide de ces données et des données existantes sur la frayère de Lamagistère sur la Garonne (collectées par MIGADO), nous pourrons alors finaliser le développement d’un modèle de stock-recrutement pour les aloses du bassin de la Loire.

Compétences souhaitables :
Le candidat recherché doit posséder des connaissances (i) en traitement et analyse de données et (ii) en hydrobiologie et écologie aquatique. Un intérêt pour les poissons migrateurs et les suivis sur le terrain serait un plus.

Candidature :
Envoyer un CV détaillé, une lettre de motivation expliquant l’intérêt pour le sujet, les relevés de notes universitaires, et les coordonnées de deux référents à P. Laffaille (pascal.laffaille@ensat.fr) et M. Legrand (tableau-salt-loire@logrami.fr). Date limite de candidature : 15 avril 2022.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: pascal.laffaille@ensat.fr

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