Missions principales

Dans le cadre du programme de surveillance (PDS) « Habitats pélagiques » de la DCSMM, la structure des communautés de zooplancton gélatineux (taille, biomasse), leur distribution spatiale, et les propriétés physico-chimiques et biologiques (phytoplancton et mésozooplancton) de leur environnement sont suivis sur toutes les façades françaises depuis 2015, selon un protocole harmonisé mis en œuvre lors des campagnes halieutiques DCF optimisées pour la DCSMM. Il s’agit du seul suivi à large échelle du zooplancton gélatineux en France.
Le/la candidat(e) sera impliqué(e) dans le projet GELATINE (2021-2023) qui vise à déterminer la pertinence de ce dispositif de suivi pour obtenir des données quantitatives fiables pour alimenter directement les indicateurs existants du Bon État Écologique (BEE) des habitats pélagiques à l’échelle des sous-régions marines françaises. Ce projet permettra (i) d’aboutir à une meilleure compréhension de la dynamique saisonnière et interannuelle des communautés de gélatineux (taxinomie, spectre de taille, biomasse) à l’échelle des sous-régions marines, (ii) de proposer une ou des méthodes numériques permettant le calcul de données d’abondance (quantitatives) à partir des données de chalut, (iii) de vérifier si les données obtenues peuvent alimenter les indicateurs du BEE, ou (iv) de proposer un ou de nouveaux indicateurs spécifiques du plancton gélatineux.

Activités principales

En collaboration avec les chercheurs, ingénieurs et techniciens impliqués, le/la candidat(e) participera aux différentes actions du projet GELATINE :

Action 1 – Etude de la dynamique spatio-temporelle des communautés de plancton gélatineux
Sur la base de l’analyse des données brutes issues des campagnes halieutiques DCF optimisées DCSMM, étudier la variabilité spatio-temporelle des communautés de plancton gélatineux et des données hydrologiques et biologiques associées (phytoplancton, mésozooplancton) dans les sous-régions marines de la DCSMM, tout en s’attachant à caractériser (i) la structure des communautés (taxinomie, diversité, spectre de taille), (ii) leur saisonnalité et (iii) leur variabilité à long terme. Cette action permettra de définir les orientations méthodologiques et techniques à apporter au PDS « Habitats pélagiques » (e.g. zones prospectées, fréquence, méthodes d’échantillonnage et d’analyses, espèces à cibler…) pour intégrer au mieux la dynamique des communautés de plancton gélatineux.

Action 2 – Elaboration d’une ou des méthode(s) de calcul pour l’obtention de données quantitatives à partir des échantillonnages au chalut. Analyse de l’incertitude associée et pertinence pour le calcul des indicateurs BEE de la DCSMM
Proposer une méthodologie pour standardiser les données acquises lors de l’échantillonnage au chalut en données quantitatives d’abondance par km2 ou par m3, qui pourront ensuite être intégrées dans le calcul des indicateurs. Les méthodes de calculs seront proposées sur la base d’une analyse de la littérature scientifique disponible et les incertitudes associées à ces méthodes seront évaluées. La pertinence des données transformées pour le calcul des indicateurs du BEE dans leur état de développement actuel (e.g. jeux de données disponibles, fréquence et emprise spatiale, seuils à définir et méthode d’agrégation) sera analysée.

Action 3 – Développement d’indicateurs « plancton gélatineux » et/ou adaptations numériques des indicateurs existants

En fonction des résultats obtenus dans l’action 2, il s’agira soit (i) d’adapter les indicateurs existants, soit (ii) de développer des indicateurs spécifiques adaptés aux données de zooplancton gélatineux. Des outils numériques d’évaluation (méthodes de calculs, seuils, méthodes d’agrégation) adaptés aux jeux de données disponibles seront élaborés. Une évaluation du BEE, sur la base des indicateurs « plancton gélatineux », sera réalisée à partir des données disponibles (2015-2020).

Approches méthodologiques

Approches numériques de standardisation et d’agrégation des données. Analyses spatiales et géostatistiques, analyses multivariées, classifications, calcul d’indicateurs de changement (Bedford et al. 2018) et de diversité. Analyses statistiques exploratoires reliant la densité et les tailles observées aux facteurs de forçages environnementaux et saisonniers observés. Revue bibliographique des indicateurs du BEE existants et mise au point de nouveaux indicateurs. Méthodes de détection de seuils (e.g. régressions segmentées).

Le/La candidat(e) participera et présentera l’avancée des travaux lors des réunions du comité de pilotage du projet et lors des réunions dédiées à échelle nationale (e.g. réunion de suivi, ateliers scientifiques et techniques DCSMM). Enfin, le/la candidate participera à la rédaction des différents livrables du projet (e.g. rapports, publications).

La structure d’accueil

Le Laboratoire BOREA – Biologie des organismes et des écosystèmes aquatiques – a pour objectif l’étude de l’écologie et de la biologie des organismes et des habitats aquatiques dans des écosystèmes naturels et contraints. Il s’agit de comprendre, par une approche multidisciplinaire et intégrative, l’origine, le rôle et les mécanismes de l’évolution de la biodiversité aquatique (des molécules aux écosystèmes), les interactions des organismes entre eux et avec leurs milieux de vie et les réponses aux changements globaux, anthropiques et climatiques.
Les modèles biologiques aquatiques étudiés couvrent un large panel, incluant micro-organismes (bactéries et diatomées) et métazoaires (cnidaires, annélides, mollusques, crustacés, échinodermes, poissons chondrichtyens, téléostéens, …) et sont choisis pour leur position phylogénétique, leur cycle biologique, leur intérêt écologique ou leur importance économique. Les écosystèmes aquatiques étudiés couvrent également un large spectre : hydrosystèmes océaniques, côtiers et dulçaquicoles ; régions tempérées, tropicales ou polaires ; milieux « naturels » ou anthropisés. BOREA est une Unité construite autour de l’interdisciplinaire, faisant appel à un large champ de disciplines : biochimie, génomique, biologie moléculaire et cellulaire, « éco-évo-dévo », endocrinologie, écophysiologie, écotoxicologie, systématique, phylogénie, phylogéographie, écologie fonctionnelle, modélisation, écologie des communautés, biogéographie, macroécologie. Les travaux de recherche fondamentale conduits dans BOREA s’ouvrent sur différents domaines d’expertise et de valorisation, tels que : enrichissement, gestion et valorisation des collections ; taxinomie et inventaires de la biodiversité aquatique, bases de données ; développement de bioindicateurs des espèces et milieux (évaluation et prédiction) ; préservation et gestion de la biodiversité aquatique ; développement et diversification de l’aquaculture (pour la conservation ou la production) ; biotechnologies marines (molécules bioactives, nutraceutique, biomatériaux, traçabilité des produits de la pêche).

Le Laboratoire BOREA est implanté sur plusieurs sites : à Paris sur le campus du Jardin des Plantes du MNHN et celui de Pierre et Marie Curie de SU, à Caen sur le campus de l’UCN et à Pointe-à-Pitre, Guadeloupe sur le campus de l’UA. Des chercheurs de BOREA sont aussi hébergés dans la Station marine du MNHN à Concarneau, au MNHN CRESCO (Centre de recherche et d’enseignement sur les systèmes côtiers) à Dinard et dans la Station marine de l’UCN à Luc-sur-Mer. Par ailleurs, dans le cadre de la politique de coopération de l’IRD, des personnels sont aussi affectés dans certaines Universités et centres de recherche d’Amérique du Sud.

Le/ la candidat(e) sera recruté(e) au sein de l’équipe SOMAQUA – Sources et devenirs de la matière organique en milieux aquatiques (https://urlz.fr/fMqM), 61, rue Buffon, CP 53, 75005 Paris Cedex 05.

Champs relationnels

– En interne : Sorbonne Université, MNHN
– En externe : LERAR, UMR MARBEC, EMH, HMMN, OFB

Diplômes – Formation – Expérience

Le/La candidat(e) sélectionnée doit avoir une thèse de doctorat en écologie marine, dynamique des populations et autres domaines connexes. Une première expérience postdoctorale sera appréciée.

Compétences mises en œuvre

Connaissances
– Bonne compréhension et connaissances en écologique marine, écologie planctonique, dynamiques temporelle et spatiale des espèces/communautés, et en caractérisation des forçages environnementaux
– Connaissances solides en écologie numérique et analyses statistiques (spatiales et temporelles) uni- et multivariées

Savoir-faire opérationnel
– Compétences en accès, bancarisation, gestion et manipulation de bases de données biologiques, environnementales et climatiques
– Maîtrise de langages de programmation (Matlab et/ou R) et des systèmes d’information géographique (SIG)
– Capacité d’analyse, de synthèse et de rédaction (en français et en anglais)
– Excellentes capacités d’expression orale (en français et en anglais)
– Capacité de communication auprès de différents types de public (scientifiques, experts, gestionnaires)
– Maîtrise des outils informatiques courants (bureautique)
– Très bonne organisation de son activité dans un cadre de projets multipartenaires

Savoir-être professionnel
– Sens du relationnel
– Aptitude au travail en équipe et en réseau
– Capacité d’écoute et de rapportage
– Esprit d’initiative
– Autonomie, rigueur, capacité d’organisation

Conditions de travail

Quotité de travail : travail à temps complet
Durée hebdomadaire du travail : 35h35 – 44 jours de congés annuels
Déplacements professionnels ponctuels
CDD de 20 mois
Salaire entre 1800€ nets et 2200€ nets mensuels selon expérience

Pour postuler

CV et lettre de motivation (sous un seul fichier) à envoyer à eric.goberville@mnhn.fr, dorothée.vincent@ofb.gouv.fr, Elvire.Antajan@ifremer.fr et Sandrine.Vaz@ifremer.fr
Merci de respecter le format de fichier suivant : Candidature_GELATINE_Nom_Prénom.pdf
Prise de poste (sous réserve de certaines formalités administratives) : mi-septembre 2021.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: eric.goberville@upmc.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.