La conservation de la biodiversité inclut la diversité génétique, une des composantes essentielles de l’adaptation. En France, la conservation de la diversité génétique est coordonnée par la commission nationale des ressources génétiques forestières (CRGF, https://crgf.inrae.fr/).

Le pin de Salzmann (Pinus nigra salzmanni) est la seule espèce forestière classée en danger sur la liste rouge des écosystèmes forestiers méditerranéens français de l’UICN. En 2021, la collection nationale de conservation ex-situ de la diversité génétique comprend 694 clones issus de greffes d’arbres âgés de plus de 150 ans,assurance d’autochtonie en populations naturelles entourées de plantations exotiques hybridogènes. Ces clones se structurent en cinq groupes génétiques qui correspondent à des origines géographiques dont la représentativité dans la collection n’est pas homogène. Certaines provenances sont représentées par moins de 50 clones et d’autres par plus de 150.

L’objectif du stage proposé est de mettre au point une méthode pour constituer une collection de base (core-collection) représentative de toute la diversité génétique et géographique des pins de Salzmann, tout en diminuant le nombre total de clones à conserver, ce qui facilitera sa duplication et nécessitera une moindre surface pour son installation en plantation. Les données génotypiques utilisables pour ce travail sont issus d’un génotypage microsatellite de tous les clones ainsi que de toutes les sous-espèces de Pinus nigra à l’échelle de l’aire.

Le stage, de niveau Master ou Ingénieur, se déroulera à l’unité de recherche Ecologie des Forêts Méditerranéennes (URFM), INRAE, à Avignon, sous la direction de Caroline Scotti Saintagne et Bruno Fady, responsables du programme de conservation des ressources génétiques du pin de Salzmann. Il donnera lieu a une publication dans un journal scientifique.

Les compétences requises sont des notions de génétique des populations, des méthodes statistiques du domaine (notamment sous R), un intérêt pour la conservation de la biodiversité. Le stage apportera au stagiaire des compétences nouvelles dans les méthodes d’analyse de la diversité génétique(inférence bayésienne notamment) et dans le domaine de l’adaptation des forets dans le contexte du changement climatique et la protection de la biodiversité.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: bruno.fady@inrae.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.