L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

VOTRE MISSION ET VOS ACTIVITÉS

Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité EABX Ecosystèmes Aquatiques et changements globaux, INRAE Nouvelle Aquitaine par l’équipe FREEMA (Fonctionnement et Restauration des Ecosystèmes Estuariens et des populations de Migrateurs Amphihalins).
https://www6.bordeaux-aquitaine.inrae.fr/eabx/EABX/FREEMA

 Contexte :

Le système Gironde-Garonne-Dordogne (GGD) est le berceau de la dernière population sauvage d’esturgeon européen, plus grand migrateur amphihalin d’Europe de l’ouest, classé en danger critique d’extinction. Des programmes de conservation et de restauration sont en cours en Allemagne et en France depuis le début des années 1990 ; la dernière reproduction d’individus sauvages observée datant de 1994 en Gironde. L’espèce fait l’objet d’un programme de ré-introduction avec plus de 1.7 millions de juvéniles déversés en Garonne et en Dordogne entre 2007 et 2015. Ce migrateur anadrome né dans les parties basses des fleuves migre vers l’aval au cours de sa première année de vie pour effectuer une partie de sa croissance en estuaire, puis poursuit sa croissance en mer avant de revenir se reproduire en eau douce vers l’âge de 12 ans pour les mâles et de 16 ans pour les femelles.
Le milieu estuarien, plus particulièrement la Gironde, et le milieu marin constituent ainsi les principaux milieux de croissance de l’espèce. L’utilisation des habitats estuariens de la Gironde par la population sauvage a été renseignée dans les années 90 pour des individus âgés de 4/5 ans. Les patrons de dévalaison des individus ré-introduits et l’utilisation des habitats dans les secteurs amont de l’estuaire ont également été étudiés. Cependant les échanges entre estuaire et milieu marin ainsi que la phase de croissance en mer sont peu connus, en raison de la difficulté à obtenir des informations directes sur les déplacements des individus entre ces milieux. Afin de mieux comprendre le devenir des individus ré-introduits dans le système GGD depuis 2007, et donc d’aborder les conditions de réussite des opérations de restauration de l’espèce, il est essentiel d’améliorer les connaissances sur les trajectoires migratoires des esturgeons à l’interface estuaire mer. Etant donné le statut de l’espèce, cette analyse doit s’appuyer sur des méthodes d’analyses non létales.
Ce travail constitue un challenge méthodologique et éthique lié au statut de conservation de l’animal, avec notamment la recherche de relations entre les organes classiquement analysés via des traceurs chimiques et les échantillonnages peu invasifs (nageoires). A partir de ce type de prélèvements, le défi consiste à reconstruire les trajectoires migratoires au sein de la population. L’utilisation croisée de traceurs multiples, avec leurs avantages et limites respectifs, grâce à la collaboration infrarégionale entre trois laboratoires de Nouvelle-Aquitaine (UMR 5805 EPOC (Bordeaux), UMR 7266 LIENSs (La Rochelle) et l’UMR 5254 IPREM (Pau)) nous apparaît comme la meilleure approche pour relever ce défi.
Enfin, la qualité des juvéniles nés en captivité et leur capacité à reconstruire une population viable fait l’objet d’un questionnement scientifique (capacité adaptatives des individus produits) et socio-économique (coût, bénéfices). Dans le cas de l’esturgeon européen, les individus relâchés ont des histoires différentes notamment un temps variable passé en captivité (court 1 an). Les patrons d’utilisation des habitats et les tactiques migratoires seront analysées en fonction de cet effet possible de la durée de vie en captivité sur les tactiques de vie afin d’améliorer in fine les pratiques de restauration.
Ce projet post doctoral fait partie d’un projet plus large intitulé REVE (REconstruction des tactiques de Vie de l’Esturgeon européen), co-financé par la région Nouvelle Aquitaine et l’Agence de l’Eau Adour Garonne. Les objectifs du projet REVE s’inscrivent au sein de la stratégie d’acquisition de connaissance sur l’espèce des acteurs régionaux partenaires du Plan National d’Actions (PNA) en faveur de la restauration de l’espèce.

 Missions et activités confiées :

Dans ce contexte, les objectifs de ce travail sont les suivants :
1) Estimer les relations entre les mesures de différents traceurs environnementaux (isotopes, contaminants) dans différents organes dans une optique d’utilisation de prélèvements non létaux.
2) Reconstruire les trajets migratoires de l’esturgeon européen entre l’estuaire de la Gironde et l’océan à partir de ratios isotopiques (δ13C, δ15N, δ34S, δ87Sr), Sr :Ca et/ou Ba :Ca mesurés dans la nageoire et/ou les rayons pectoraux, afin d’identifier l’importance de la connectivité entre ces deux milieux et l’existence potentielle d’une ou plusieurs tactiques migratoires dans la population. Des données sur la composition isotopique et biochimique (Br :Ca, Sr :Ca, contaminants) des masses d’eau et/ou des sources de nourriture potentiellement utilisées par l’esturgeon européen dans l’estuaire de la Gironde et le milieu marin côtier pourront être mises à disposition à cet égard par les partenaires du projet (UMR 5805 EPOC, Bordeaux : UMR 7266 LIENSs, La Rochelle).
3) Analyser ces tactiques migratoires dans un contexte de ré-introduction d’espèces, en testant l’effet possible du temps passé en captivité sur la tactique adoptée.
4) Améliorer la connaissance de la phase de vie en mer et évaluer le risque de contamination dans ce milieu.

Vous aurez tout d’abord pour mission de réaliser une revue bibliographique sur les meilleurs traceurs environnementaux permettant de caractériser les échanges estuaires/mer. Vous échangerez avec les partenaires académiques spécialistes des différents traceurs potentiels pour valider le protocole d’analyse. Vous réaliserez la préparation en laboratoire des échantillons pour les différents types d’analyse, et vous collaborerez avec les experts partenaires du projet pour coupler les informations obtenues à l’échelle des individus ciblés, avec les informations et données sources disponibles dans les milieux étudiés.

Ce travail bénéficiera d’échantillons de nageoires d’Acipenser sturio déjà acquises au cours des campagnes d’échantillonnage « Sturat » qui ont lieu dans l’estuaire de la Gironde (environ 100 échantillons disponibles). Ce matériel biologique permettra notamment à l’aide de l’analyse des isotopes stables (collaboration LIENSs et EPOC) d’évaluer le niveau d’échange « récent » avec la mer pour différents groupes d’individus qui fréquentent l’estuaire (classes d’âge et ou de taille, différents temps de séjour en captivité avant ré-introduction). Un travail de pré-sélection de la composition de ces groupes sera réalisé. Pour les mêmes individus, nous disposons également des rayons pectoraux sur lesquels les ratios δ87Sr et Sr:Ca, Ba :Ca pourront être mesurés par ablation laser femtoseconde couplé à des spectromètres de masse quadripolaire (Sr :Ca, Ba :Ca) et multicollection (87Sr :86Sr) afin de reconstruire les trajectoires migratoires des individus à une échelle temporelle plus large (collaboration avec l’UMR5254 IPREM CNRS/UPPA).

En plus de ces échantillons préservés, nous disposons également de 6 individus morts capturés accidentellement en mer et conservés à -20°C. A partir de ces individus nous souhaitons calibrer les mesures des traceurs entre les différents organes et reconstruire leur histoire de vie en mer depuis leur départ de l’estuaire de la Gironde. Il s’agit notamment de vérifier les corrélations des mesures isotopiques entre les différents organes réalisés sur des individus euthanasiés en captivité (études préliminaires). La phase de vie en mer étant méconnue et sujette à différentes pressions, les contaminants organiques et inorganiques seront également mesurés dans les différents organes (collaboration EPOC) pour évaluer le risque chimique en mer de la population (niveau de contamination) et vérifier s’il existe une corrélation entre les mesures des contaminants dans les organes mous et la nageoire, dont l’échantillonnage est non létal.

LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS

Vous devrez être titulaire d’un doctorat en écologie aquatique, en océanographie biologique ou en biogéochimie appliquée à l’écologie aquatique.

Pour mener à bien ce projet vous devrez avoir une expertise (connaissance et technicité) dans l’analyse des tissus animaux via les traceurs évoqués précédemment, de préférence dans le cadre d’études des patrons d’utilisation des habitats par les animaux aquatiques. La publication de résultats antérieurs s’appuyant sur ce type de méthodologie, et valorisant les connaissances théoriques et pratiques associées, est donc souhaitée. Au-delà d’une expertise sur un ou plusieurs des traceurs envisagés, des compétences en termes de travail de laboratoire pour réaliser les préparations des échantillons à analyser sont également requises.

Une connaissance et une expérience des approches statistiques nécessaires pour l’interprétation critique des résultats multi-traceurs est souhaitée (analyses statistiques inférentielles et multivariées, modèles mixte de mélange etc…). La capacité à proposer des voies de recherche innovantes et à élaborer un plan de travail en autonomie sont également attendues. Etant donné le contexte partenarial et multidisciplinaire du projet, de bonnes capacités relationnelles sont également indispensables.

La maitrise de l’anglais à l’oral et à l’écrit est essentielle. Pour les candidats et les candidates non-francophones, la capacité à communiquer en français dans un cadre professionnel serait appréciée.

VOTRE QUALITE DE VIE À INRAE

En rejoignant INRAE, vous pourrez bénéficier selon le type de contrat :

 jusqu’à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
 d’un soutien à la parentalité : CESU garde d’enfants, prestations pour les loisirs ;
 de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
 d’un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
 de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
 d’activités sportives et culturelles ;
 d’une restauration collective.

 Modalités d’accueil

 Unité: EABX Ecosystèmes Aquatiques et changements globaux
 Code postal + ville : 33612 Gazinet Cestas
 Type de contrat : CDD
 Durée du contrat : 2 ans
 Date d’entrée en fonction : 1er décembre 2021
 Rémunération : brut mensuel indicatif de 2516 à 2736 Euros selon expérience
 Modalités pour postuler

Le dossier de candidature devra inclure 1) un CV détaillé, 2) une lettre de motivation de deux pages maximum, dans laquelle le/la candidat/e détaillera ses compétences en regard du contexte du projet et des objectifs détaillés ci-dessus, 3) un à deux articles scientifiques détaillant des travaux antérieurs en lien avec une ou plusieurs des techniques envisagées, et 4) un exposé d’une page maximum détaillant comment le/la candidat/e souhaiterait aborder les objectifs et les challenges afférents au projet. Le dossier de candidature doit être envoyé en un seul document pdf par email aux superviseurs du projet : Marie-Laure Acolas (marie-laure.acolas@inrae.fr) et Laure Carassou (laure.carassou@inrae.fr)

 Date limite pour postuler : 12 septembre 2021
La sélection des dossiers aura lieu la semaine du 13 septembre et les candidat(e)s dont les dossiers auront été retenus seront auditionnés par visio conférence la semaine du 20 septembre 2021

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: marie-laure.acolas@inrae.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.