Offre de stage de Master 2 Recherche – Université de Rouen Normandie, laboratoire Ecodiv
Biodiversités associées aux cavités de pic noir
Le pic noir (Dendrocopos martius) est le plus grand excavateur primaire d’Europe. Les cavités qu’il creuse peuvent héberger de nombreuses espèces et jouent ainsi un rôle fondamental dans le maintien de la biodiversité en forêt. Cependant, les conditions qui concourent au creusement de ces cavités, en lien avec la biologie de l’espèce restent peu quantifiées, notamment en termes de structure forestière. Par ailleurs, les habitats formés par les cavités de pic noir sont occupés par des faunes et fonges cavicoles incomplètement décrites, et dont les sources de colonisation (locale ou à l’échelle du massif) restent à préciser. Ces informations intéressent le gestionnaire forestier en charge de la prise en compte de la biodiversité dans la gestion forestière.
Dans le cadre du projet TRAMETES2 « Contribution de la trame de vieux bois à l’état de conservation des habitats forestiers et des espèces » (https://biosefair.hub.inrae.fr/thematiques/reseaux-d-interactions/trametes2-projet-exploratoire-2022-2024) associant le laboratoire Ecodiv (Univ. Rouen https://ecodiv.univ-rouen.fr/), LESSEM (INRAE Grenoble) et EGCE (IDEEV Saclay), 5 sites forestiers où des cavités de pic noir ont été cartographiées sont analysés. Sur chaque massif, 6 à 10 paires de placettes ont été identifiées. Ces paires de placettes comparent des zones où les cavités de pic sont présentes et d’autres où elles sont absentes. Des échantillons de bois et matières organiques dans les cavités et de bois mort au sol ont été prélevés pour y décrire les communautés fongiques et faunistiques par métabarcoding environnemental.
L’objectif du stage est de comparer les communautés fongiques colonisant les cavités aux communautés sur bois morts au sol, et comparer les communautés sur bois morts au sol des placettes à cavité et sans cavité, avec les hypothèses préliminaires suivantes : (i) les communautés fongiques cavicoles locales sont influencées par la diversité fongique cavicole à l’échelle du massif ; (ii) les communautés fongiques cavicoles locales sont aussi influencées par les communautés fongiques sur bois mort au sol locales ; (iii) les communautés fongiques sur bois au sol locales sont essentiellement influencées par la diversité fongique des bois au sol à l’échelle du massif.
Dans un second temps, une analyse de co-occurrence faunistique (sur données moléculaires) avec les communautés fongiques des cavités pourra être réalisée pour préciser de potentiels vecteurs de dispersion des inocula fongiques.
Les missions du stage seront les suivantes :
1. Synthèse bibliographique sur les communautés fongiques (et faunistiques) associées aux cavités et sur leur structuration spatiale
2. Méthodes d’écologie moléculaire en laboratoire sur environ 80 échantillons de cavités ou bois au sol (2 massifs) prélevés en 2023 pour production de données de séquençage
3. Analyses sur données de séquençage à haut débit produites sur 70 échantillons de 2022 (3 massifs) : analyses bio-informatiques pour assignations taxonomiques puis analyses de communautés fongiques et faunistiques par des indices de diversité des communautés
4. Rédaction d’un rapport de stage sous forme d’article scientifique
Compétences attendues :
1. Niveau Master 2 en écologie terrestre voire forestière
2. Rigueur scientifique, autonomie
3. Rigueur dans les méthodes expérimentales (phase de laboratoire)
4. Anglais demandé (lecture de littérature internationale), compétences en analyses statistiques (logiciel R)
Conditions matérielles :
1. Stage indemnisé selon les conditions légales en vigueur (env. 550€/mois)
2. Bureau et ordinateur fournis.
3. Stage hébergé par Ecodiv, Université de Rouen.
CV et lettre de motivation à transmettre avant le 22 novembre à Lucie Vincenot (lucie.vincenot@univ-rouen.fr) et Aurélie Husté (aurelie.huste@univ-rouen.fr).
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