Contexte:
Le déclin généralisé des abeilles, bourdons, syrphes dans les paysages cultivés au cours des dernières décennies est une préoccupation majeure compte tenu de leur rôle crucial dans la pollinisation des plantes cultivées et sauvages. L’augmentation des surfaces cultivées et les pratiques de désherbage systématique ont conduit à un déclin drastique des ressources florales et de la diversité de la flore spontanée, essentielles aux pollinisateurs. Dans ce contexte, le maintien ou la valorisation des adventices au sein des agroécosystèmes constitue une voie prometteuse pour reconstituer les ressources florales et favoriser les communautés de pollinisateurs dans les paysages. Dans les vignobles, les oliveraies ou les vergers, les adventices sont de plus en plus considérées comme des plantes de services utiles aux agroécosystèmes, mais leur intérêt vis-à-vis de la pollinisation reste mal connu.

Problématique:
Malgré l’urgence de préserver le service de pollinisation, très peu d’information existe sur la diversité et les co-variations des traits floraux liées aux interactions plante-pollinisateur, en particulier chez les adventices. Nous faisons l’hypothèse (i) que l’espace phénotypique des fleurs est déterminée par des axes de compromis entre traits floraux liées à leur structure mais aussi à leur longévité, phénologie et productivité en pollen et nectar (« flower economics spectrum », sensu Roddy et al. 2020) ; et (ii) qu’un continuum de stratégies florales existe chez les adventices, faisant de ces espèces un réservoir diversifié de ressources florales pour une diversité d’organismes pollinisateurs. Caractériser les traits floraux des adventices est une étape importante pour évaluer les ressources florales et le potentiel de pollinisation des adventices dans les agroécosystèmes.

Objectifs du stage:
Le stage aura pour objectif de conduire un travail d’extraction de données numériques disponibles sur le web pour décrire la diversité et les co-variations des traits floraux pour un grand nombre d’espèces d’adventices méditerranéennes. L’analyse reposera en priorité sur l’identification d’un pool régional d’espèces que l’on retrouve dans les vignobles, oliveraies, vergers du Sud de la France (Occitanie) mais pourra être étendue à d’autres agroécosystèmes (ex. grandes cultures) et/ou à d’autres régions en fonction du temps disponible. Les espèces seront déterminées sur la base d’inventaires floristiques réalisés dans le cadre des thèses en cours de Léa Genty et Marie-Charlotte Bopp et d’inventaires historiques en collaboration avec des botanistes. Les traits floraux seront extraits des bases de données de référence (ex. TRY, https://www.try-db.org), de la littérature scientifique (ex. Baude et al. 2016) et des flores (ex. Flore de la France méditerranéenne continentale, Tison et al. 2014). Les flores numériques (ex. eFlore, https://www.tela-botanica.org/flore/), les applications de reconnaissance botanique (ex. Pl@ntNet, https://plantnet.org/) et les bibliothèques de photographies naturalistes (https://www.inaturalist.org/) constituent aussi des sources d’information qui peuvent être exploitées d’analyse d’images (ex. ImageJ). Une fois extraites et compilées, les données seront analysées à l’aide de méthodes uni- et multivariées pour décrire l’espace phénotypique florale des adventices et tester les co-variations de traits proposées par le ‘floral economic spectrum’ (Roddy et al. 2020).

Missions du stagiaire:
• Déterminer un pool régional d’espèces adventices à partir de relevés floristiques
• Identifier les sources de données disponibles sur le web pour les traits floraux
• Mettre au point des procédures d’extraction des données de traits
• Constituer un jeu de données et de métadonnées à partir des informations extraites
• Analyser les co-variations de traits en utilisant des méthodes uni- et multivariées
• Rédiger un document présentant la démarche, les données et les résultats.

Accueil et conditions du stage:
Le stage se déroulera au CIRAD, à l’UMR ABSys « Agrosystèmes Biodiversifiés » à Montpellier sous la responsabilité de Karim Barkaoui, Aurélie Metay et Elena Kazakou. Une indemnité de stage sera versée au stagiaire, à la hauteur définie selon la réglementation en vigueur en France. Tous les frais de fonctionnement et de déplacement professionnel seront pris en charge par le CIRAD.

Profil recherché:
• Être motivé.e par la recherche en écologie/ bio-informatique
• Avoir un goût prononcé pour l’analyse des données et les statistiques
• Maîtriser les bases du logiciel R ;connaître ImageJ est un plus.
• Être organisé.e, rigoureu.x.se et appliqué.e (gestion des jeux de données)
• Être à l’aise avec la lecture de l’anglais (lecture d’articles scientifiques)

Candidature:
Envoyer une lettre de motivation et un CV à :
karim.barkaoui@cirad.fr ; aurelie.metay@supagro.fr; elena.kazakou@supagro.fr
Un court entretien sera ensuite programmé.

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: karim.barkaoui@cirad.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.