Stage de Master 2 : Analyse quantitative du régime alimentaire de l’Outarde Canepetière (Tetrax tetrax)

Contexte :
L’outarde canepetière est une espèce protégée qui a subi un déclin important de ses effectifs en France au cours des 10 dernières années. Or la population migratrice de la Zone de Protection Spéciale (ZPS) de Champeigne semble avoir largement échappé à ce déclin. Le succès reproducteur de cette population nécessite entre autres des ressources alimentaires abondantes pour les jeunes outardes. D’après la littérature, basée sur la dissection de fèces et l’analyse morphologique de restes de proies, les jeunes outardes se nourrissent essentiellement d’orthoptères. Or des relevés de population d’orthoptères réalisés par la SEPANT sur la ZPS ont montrés une abondance trop faible pour soutenir la population locale d’outardes. Par ailleurs, des études récentes ont démontré que d’autres ressources – notamment des carabes et des gastéropodes – étaient présentes dans le régime alimentaire des outardes canepetière de la ZPS Champeigne. Cependant, leur importance relative reste à déterminer.

L’objectif de ce stage est de quantifier l’importance des différentes ressources alimentaires exploitées par l’outarde canepetière dans la ZPS afin de mieux comprendre les raisons de son succès reproducteur sur cette zone. Pour cela, le projet s’appuiera sur l’étude d’échantillons fécaux collectés sur le terrain ainsi que celle d’échantillons obtenus à partir d’animaux captifs dont le régime alimentaire est connu. Ces échantillons seront analysés par des approches morphologiques (observation des fèces sous loupe binoculaire) et génétiques (Métabarcoding ADN).

Les échantillons de terrain, collectées en Octobre 2020 et Octobre 2021 sur la ZPS Champeigne, sont déjà disponibles pour ces analyses. Ces échantillons contiennent potentiellement des fèces de jeunes et d’adultes qui se regroupent lors des phases de rassemblement peu avant le début de la migration des oiseaux.
Des échantillons issus d’animaux captifs seront également analysés. Ces échantillons proviendront d’oiseaux dont le régime alimentaire est connu et permettront donc de mesurer finement la correspondance entre quantité de nourriture ingérée et abondance des séquences obtenues par métabarcoding ADN.

À terme, le projet permettra entre autres de proposer des recommandations concernant les mesures agro-environnementales et climatiques (MAEC) mises en place sur la ZPS et leur impact sur les ressources alimentaires utilisés par les outardes.

Tâches à accomplir :
Ce stage sera largement basé sur l’analyse morphologique et génétique d’échantillons existants. Il conviendra de disséquer les fécès afin détecter des restes de proies éventuels, puis de préparer ces échantillons pour des analyses moléculaires (méthode de métabarcoding avec séquençage à haut débit et PCR pour sexage des oiseaux).

Une grande partie des échantillons seront disponibles dès le début du stage ce qui permettra de commencer les analyses génétiques dès le mois de Mars. L’extraction, amplification et purification de l’ADN auront lieu à l’IRBI où l’étudiant aura accès à la plateforme de génomique environnementale. Après préparation, les échantillons seront envoyés à une plateforme externe pour le séquençage Sanger ou à haut débit. Pour l’analyse des données de séquençage, un soutient sera disponible par les ingénieurs bioinformaticien de l’équipe IMIP. L’étudiant aura ensuite la tâche d’effectuer des analyses statistiques nécessaires pour reconstruire des réseaux d’interactions trophiques et tester les hypothèses proposées.

Le stage nécessitera également la collecte des échantillons issus d’animaux captifs. Des déplacements seront donc à prévoir dans ce cadre. Enfin des travaux de terrain auront lieu sur la ZPS Champeigne afin de tenter de récolter des échantillons pendant la période de présence des jeunes outardes (entre Juin et Aout).

Prérequis :
• Le candidat sera à l’aise dans un laboratoire de biologie moléculaire ainsi que sur le terrain (zones agricoles)
• Connaissances sur la taxonomie des insectes, en particulier carabes et/ou orthoptères et l’utilisation de clés de détermination
• Une première expérience dans l’extraction d’ADN et la PCR serait appréciée

Compétences acquises au cours du stage :
Le stagiaire sera formé à l’analyse moléculaire des régimes alimentaires par la méthode de métabarcoding. Cette dernière comprend les méthodes d’extraction, d’amplification et de purification d’ADN, ainsi que la préparation de librairies pour le séquençage de masse. Une partie de ces analyses sera réalisée sur un robot extracteur à haut débit. En fonction de ses intérêts, le stagiaire aura également la possibilité d’acquérir des compétences de base en traitement bioinformatique des données génétiques. Enfin, il sera également formé à la collecte d’échantillons fécaux sur le terrain et la conservation de ces échantillons pour des analyses génétiques.

Supervision et modalités de recrutement
Marion Bernard, Stéphane Boyer
SEPANT 8 Bis Allée des Rossignols – 37170 Chambray-lès-Tours

Ce stage est financé par la SEPANT, cependant les analyses génétiques et morphologiques se feront à l’IRBI (Université de Tours). Merci d’envoyer CV et lettre de motivation ainsi qu’une lettre de référence (optionnel) à marion.bernard@sepant.fr et stephane.boyer@univ-tours.fr

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: stephane.boyer@univ-tours.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.