 Missions et activités confiées :

Contexte
En France métropolitaine, les écosystèmes sont parcourus par un réseau dense de cours d’eau, dont la longueur totale cumulée représente ~430 000 km. Ces milieux lotiques sont le support d’une grande diversité biologique. Le bon fonctionnement des hydrosystèmes, les habitats riches et diversifiés qu’ils supportent comme les espèces qu’ils hébergent, sont menacés par de nombreuses pressions d’origine anthropique (e.g. pollutions chimiques ponctuelles ou diffuses, urbanisation ou agriculture intensive en proximité du lit mineur, curage ou encore présence d’obstacles en rivière barrant le lit).

Parmi ces pressions, la présence d’obstacles transversaux au sein des rivières est prépondérante et susceptible d’affecter tant l’accessibilité que la qualité intrinsèque des habitats disponibles pour les espèces, pourtant indispensables à leur reproduction, leur croissance, leur alimentation ou bien encore pour y trouver refuge. Si les ruptures de continuité au sein des rivières restent, parmi les effets liés aux obstacles transversaux, les plus étudiées, notamment pour les populations de poissons diadromes, ou plus généralement les communautés piscicoles ; rares sont les études visant l’ensemble de ces effets au sein d’une analyse multicritères et multicompartiments biologiques. En ce sens, les communautés de macroinvertébrés, de diatomées benthiques et piscicoles, pourtant sensibles aux pressions environnementales, notamment celles liées aux modifications de la physico-chimie et de l’hydromorphologie des cours d’eau, sont rarement étudiées conjointement pour une meilleure compréhension et une vision intégrée des effets liés à la présence d’obstacles et du fonctionnement des cours d’eau en général.

Objectif et missions
Le projet AMOBIO a donc pour objectif d’élargir l’étude des potentiels impacts et d’identifier les différents marqueurs hydromorphologiques de la pression « obstacles transversaux » (e.g. effet barrière rompant la continuité de la rivière, modification des lignes d’eau ou du profil topographique de la rivière, modification des régimes hydrologiques) et les réponses taxonomiques et fonctionnelles à ces marqueurs des trois compartiments biologiques majeurs (i.e. diatomées benthiques, macroinvertébrés benthiques et poissons) dans un outil d’évaluation opérationnel.

Ce projet s’appuiera notamment sur différents jeux de données déjà constitués :

-les listes faunistiques et floristiques (richesse taxonomique et abondances) documentées sur > 1900 stations échantillonnées en France métropolitaine entre 2004 et 2017 (données publiques : OFB);

-les données issues du GéoRéférenceur des obstacles à l’écoulement (ROE, ICE, BDOe) ou de leur exploitation (indicateur OFB sur les linéaires de cours d’eau restaurés ; données publiques : OFB);

-un jeu de données unique sur les traits fonctionnels (e.g. capacités de dissémination, mode d’alimentation) des taxons des trois compartiments biologiques analysés (données scientifiques : porteur de l’action et ses collaborateurs);

ainsi que sur d’autres jeux de données caractérisant l’hydromorphologie des cours d’eau ou d’éventuelles nouvelles données acquises sur le terrain. En fonction des résultats et des besoins, il pourra être décidé de centrer l’analyse sur quelques rivières clés, bien documentées et/ou pourvues de données complètes et de qualité, en complément du schéma d’analyse national.

Ce projet s’inscrit ainsi dans une étape préliminaire et essentielle d’aide à la décision en matière de préservation ou de restauration du fonctionnement des cours d’eau et des communautés biologiques qui y vivent. Le rendu final de l’action vise un outil d’aide à l’évaluation de l’impact des obstacles en cours d’eau sur des compartiments biologiques ayant un rôle clé pour les rivières.

Deux étapes de travail sont distinguées :

1. Caractériser les différentes facettes de la pression  » obstacles transversaux  » en les spatialisant (e.g. emprise, nombre, usages, localisation/positionnement des obstacles en cours d’eau depuis la mer, les modifications des lignes d’eau, les profils de pente) en incluant les effets cumulatifs depuis la mer. Il s’agira ici de réaliser les analyses dans des contextes naturels contrastés (e.g. faibles vs fortes pentes) et dont les effets ne s’appliquent pas seulement sur les communautés biologiques mais aussi sur les paramètres abiotiques (e.g. altération des régimes hydrologiques, oxygénation des milieux).

2. Evaluer les réponses taxonomiques et fonctionnelles des trois compartiments biologiques cibles (i.e. macroinvertébrés, diatomées benthiques et poissons) aux différentes facettes de cette pression, en incluant si possible une analyse plus fine des réponses :

i. propres aux espèces piscicoles migratrices amphihalines
ii. propres aux espèces considérées comme natives vs celles exotiques et envahissantes

Il s’agira donc ici de se concentrer sur l’interprétation des variations des profils et des syndromes de traits, mesurés à l’échelle individuelle et populationnelle, au sein et entre communautés biologiques. La méthode d’analyse envisagée est celle des ‘forêts aléatoires’ (Random Forest).

Collaborations
Pour développer ces analyses, la personne recrutée aura l’opportunité de s’appuyer sur les compétences et connaissances déjà acquises sur le sujet par et avec les différents collaborateurs et spécialistes associés au projet (de A → Z) :
pour l’INRAE, Jérôme Belliard, Olivier Dézerald, Céline Le Pichon, Marie-Line Merg, Laura Plichard, Floriane Larras, Emilien Lasne, Jean-Marc Roussel ;
pour l’OFB, Laurent Beaulaton, Dominique Courret, Nicolas Hette-Tronquart, Karl Kreutzenberger, Nicolas Poulet, Sylvain Richard, Pierre Sagnes, Anne Vivier + collectif des Directions régionales et Services départementaux ;
ainsi que, Frédéric Gob (LGP, Université Paris 1, Paris), Anne-Julia Rollet (LETG, Université Rennes 2, Rennes), Philippe Usseglio-Polatera (LIEC, Université de Lorraine, Metz).

Valorisation
Les résultats du projet seront valorisés sous la forme d’article(s) scientifique(s) dans une (des) revue(s) à fort impact. La personne recrutée et les porteurs de ce projet participeront activement aux échanges de transfert et d’appropriation menés entre les scientifiques, l’OFB, les agences de l’eau, les DREAL ainsi que l’ensemble des autres acteurs institutionnels ou non et/ou locaux investis dans l’étude, la préservation et la gestion environnementale des cours d’eau.

 Site Web de l’unité d’accueil : https://www6.rennes.inrae.fr/ese/

FORMATIONS ET COMPÉTENCES ATTENDUES

 Formation recommandée : Doctorat en écologie/sciences du vivant

 Connaissances souhaitées : maîtrise des outils et des concepts utilisés en hydromorphologie fluviale, une bonne expérience des méthodes d’échantillonnage de terrain (biologiques et hydromorphologiques), un intérêt particulier pour les méthodes d’analyse statistiques descriptives/inférentielles et multivariées et/ou des modèles de type « random forest » applicables aux grands jeux de données, une bonne maîtrise des logiciels SIG

 Aptitudes recherchées : curiosité scientifique, dynamique, enthousiaste, esprit d’équipe, autonomie et interdisciplinarité

 Modalités d’accueil
Unité d’affectation :
UMR ESE, Écologie et Santé des Écosystèmes, INRAE, Agrocampus Ouest
 Adresse du lieu d’exercice :
UMR ESE
65 rue de Saint-Brieuc
35042 Rennes Cedex
France
 Centre INRAE de rattachement :
Bretagne – Normandie
 Type de contrat : Post-doc
 Durée du contrat : 24 mois
 Date d’entrée en fonction : min. 15 Octobre 2021
 Rémunération : 3556,69- 4407,21€ brut
 Modalités pour postuler
 Pièces à transmettre :
– Lettre de motivation
– Curriculum Vitae
– Une liste de trois personnes de référence à contacter

 Coordonnées e-mail :
olivier.dezerald@inrae.fr
karl.kreutzenberger@ofb.gouv.fr

 Téléphone :
02 23 48 54 46

 Date limite pour postuler : Les dossiers seront évalués à partir du 3 Septembre 2021, et acceptés jusqu’à l’attribution du poste

Le contenu de cette offre est la responsabilité de ses auteurs. Pour toute question relative à cette offre en particulier (date, lieu, mode de candidature, etc.), merci de les contacter directement. Un email de contact est disponible: olivier.dezerald@inrae.fr

Pout toute autre question, vous pouvez contacter sfecodiff@sfecologie.org.